По рассказу Царственной книги, князь А. Шуйский и его советники в 1543 г. арестовали и отправили в ссылку боярина Ф.С. Воронцова, любимца молодого Ивана. Согласно позднейшей приписке, одним из главных советников Шуйского был будто бы Алексей Басманов-Плещеев135. Очевидно, подобная приписка не могла появиться в период всемогущества Басманова в 1563–1568 гг. и была составлена лишь после его казни в 1570 году.
Существенное значение для истории опричнины имеют наряду с московскими летописными сводами местные летописцы, в особенности Псковский и Новгородские.
Псковский летописный свод 60-х гг. составлен был в стенах Псково-Печорского монастыря известным книжником Васьяном Муромцем и игуменом Корнилием. Как отмечает А.Н. Насонов, летопись проникнута резко выраженными антимосковскими настроениями136. Псковская феодальная республика утратила независимость позже других земель, всего за полвека до опричнины. Поэтому остатки местного сепаратизма не исчезли здесь окончательно ко времени опричнины. Но антимосковские настроения псковской летописи объясняются не только сепаратизмом, но в еще большей мере политическими симпатиями печорских старцев. Один из авторов летописи, старец Васьян, был единомышленником и другом идеолога боярства А.М. Курбского. В своих последних записях Васьян рассказывает об ужасных предзнаменованиях, грозивших Пскову многими бедами. Среди глубокой ночи забрезжил свет, и стража увидела «людей многое множество вооружени воиньским обычаем». Ночные призраки медленно двигались к стенам города, отчего стражу объял «страх велик»137. По-видимому, последние записи псковской летописи (а они помещены под 1567 г.) появились незадолго до похода московского царя и его опричников на Псков в 1570 году. Предзнаменования сбылись. Псков подвергся нападению опричников. Васьян и Корнилий были казнены, после чего работа над летописным сводом прекратилась.
Новгородская вторая летопись составлена была при дворе новгородского архиепископа в Софийском доме138. При архиепископе Пимене летопись представляет собой краткие погодные записи. Летописца интересуют главным образом происшествия местного значения: пожары в городе, мор, поездки софиян в Москву и т. д. В отличие от псковского свода, в новгородской летописи невозможно открыть никаких следов новгородского сепаратизма. Ее авторы неизменно лояльны по отношению к московскому правительству. В последних записях за 1569 г. летописец подробно расписывает «государев корм», коли царь поедет «в свою вотчину» Новгород139. Но посещение Грозного неожиданно обернулось погромом. Погром временно прервал летописную работу. В летописи полностью отсутствуют записи за период между ноябрем 1569 г. и февралем 1570 г. После отъезда опричников работа над летописью возобновляется и приобретает некоторые новые черты. Прежде всего в руках нового софийского автора летопись приобретает значительно более систематический характер.