Механизм налаживания взаимоотношений через Контрольно-ревизионную комиссию оказался нежизнеспособным. В декабре 1918 г. появился доклад М.Я. Лациса о ее деятельности в ВЧК в качестве представителя НКВД. В нем отмечалось, что Контрольно-ревизионная комиссия не может успешно работать, так как члены этой Комиссии были сотрудниками ВЧК, к тому же всякие попытки контроля оборачивались сопротивлением со стороны ВЧК. Но главной проблемой автор доклада считал отсутствие координации взаимодействия районных ЧК, уголовной милиции и ВЧК. Попытка наладить это взаимодействие успеха не имела, и Лацис просился в Прибалтийский край[167].
В это же время произошел конфликт с представителем НКЮ в Комиссии М.Ю. Козловским, который, едва успев ознакомиться с некоторыми делами ВЧК, выразил решительный протест против ее методов. В результате ЦК РКП(б) рекомендовало НКЮ заменить Козловского, отношение которого к деятельности ВЧК носило «не столько деловой характер, сколько злобное отношение»[168].
Необходимо отметить, что сложившийся кризис во взаимоотношениях ведомств был в том числе спровоцирован и самой ВЧК, допустившей ряд ошибок, усложнивших и без того непростое положение. Так, в «Еженедельнике ЧК» вышла публикация «Хватит миндальничать», которую резко осудил ЦК РКП(б)[169]. На местах и в центре чекистами были возбуждены громкие дела, фигурантами которых были видные большевики и советские чиновники[170]. Так, летом 1918 г. И.А. Визнер вступил в конфликт с местной партийной элитой Брянска. 19 августа 1918 г. он обратился с письмом к Ф.Э. Дзержинскому, в котором указывал, что руководство города было арестовано в связи с подозрением в разных хищениях. Общая ответственность в случившемся была возложена на старого большевика председателя Совдепа Фомина, который на то время находился в Москве с целью опротестовать арест своих товарищей. Положение И.А. Визнера осложнилось тем, что доказать виновность обвиняемых ему не удалось, а благодаря сильным амбициям начальника уголовного подотдела Отдела по борьбе с преступлениями по должности внутри ВЧК назрело недовольство его действиями. В результате Президиум ВЧК на заседании 31 декабря, «не предрешая виновности» И.А. Визнера, решил его задержать и провести негласное расследование.
В итоге, в декабре 1918 г. критика деятельности ВЧК достигла апогея. Президиум ВЦИК 26 декабря 1918 г. назначил специальную ревизионную комиссию для проверки работы ВЧК[171]. 8 января 1919 г. Л.Б. Каменев направил В.И. Ленину проект резолюции о реформе революционных трибуналов и чрезвычайных комиссий, который предусматривал немедленную ликвидацию ВЧК и всех ее местных органов. Практически