Его нахождение вне рядов армии длилось недолго. К этому времени П. А. Чуйкевич уже становится известным как военный писатель. В 1806 г. в Петербурге вышла переведенная им с французского книга «Познание человека», а потом по свежим следам он пишет сочинения на тему военных кампаний, в которых сам принимал участие («Подвиги казаков в Пруссии». СПб., 1807; «Стратегические рассуждения о первых действиях россиян за Дунаем». СПб., 1810). В среде современных ему военных литераторов он первым выступил как последователь идей французского военного теоретика А. Г. Жомини, труды которого только-только стали входить в моду накануне 1812 г.
На работы Чуйкевича обратил внимание недавно назначенный на пост военного министра М. Б. Барклай де Толли. Он искал молодых грамотных офицеров, способных к аналитическому мышлению, а стиль прочитанных книг пришелся ему по вкусу. Поэтому новый министр лично предложил отставному офицеру начать вновь служить в возглавляемом им военном ведомстве. В 1810 г. после столь лестного предложения капитан Чуйкевич снова надел форму и стал трудиться в секретной экспедиции Военного министерства[52]. Это был специально созданный Барклаем в 1810 г. орган, занимавшийся руководством разведывательной деятельностью против самого грозного вероятного противника ― французской империи Наполеона. Среди сохранившихся в архивах документов военного ведомства можно найти очень много бумаг за подписью и с пометками Чуйкевича. Он составлял списки лиц, подозреваемых в шпионаже, направлял агентуру за границу, получал и обрабатывал разведывательные минные со всех концов Европы, писал аналитические записки, делал предложения об «учреждении шпионств» в различных пунктах, рассылал маршруты для передвижения русским воинским частям на западной границе. Его деятельностью, видимо, были довольны, так как уже 15 сентября 1811 г. он в 28 лет получил чин подполковника. И именно ему в начале января 1812 г. поручили составить «дислокационную карту» наполеоновских сил в Германии[53]. По этой карте военный министр и император на основе поступавшей развединформации следили за передвижениями французских корпусов к русским границам.
Весной 1812 г. Чуйкевич отправился вместе с Барклаем, назначенным также главнокомандующим 1-й Западной армии, в Вильно. В начале июня 1812 г. он был командирован в Пруссию с военно-дипломатической миссией и использовал этот предлог для сбора разведданных о сосредоточенных вблизи границы и готовых к нападению войсках Наполеона[54].
Когда начались военные действия, Чуйкевич не стал отсиживаться в Главной квартире. Он отпросился и принял участие в рейде первого партизанского