Его обычный рабочий день начинался в 9 часов утра с предварительного обхода своего отделения, состоявшего из мужской и женской половин (по 30 кроватей на каждой из них) и расположенного на третьем этаже клинического здания на Рождественке. С 10 до 12 часов шесть раз в неделю, кроме воскресений, Захарьин читал лекции с демонстрацией больных, лежавших в его стационаре. Эпизодически он спускался в приёмный покой на первом этаже и там проводил разбор амбулаторных больных, называемый очередной лекцией. Иногда он цитировал на лекции один из наиболее часто упоминаемых в медицинской литературе XIX столетия афоризмов Фрэнсиса Бэкона: «Врачебное искусство целиком заключается в наблюдении». Может быть, с этим связана легенда о его дополнительном философском образовании?
Кардинальную цель университетского преподавателя Захарьин видел в том, «чтобы научить студентов применять почерпнутые сведения из анатомии, физиологии, химии, общей патологии, гигиены и диетики, теоретического курса частной патологии и терапии, семиотики и диагностики, словом, всего накопленного знания, к распознаванию и лечению болезней». «Клиническое преподавание должно индивидуализировать встречающиеся болезненные случаи, – утверждал он на своей первой лекции в качестве экстраординарного профессора, – останавливаться на болезненных явлениях не только в диагностическом, но и в общепатологическом их значении, стараться приводить их к простейшим патологическим нормам, сохраняя тем связь практической медицины с научною патологией».108 Ни ему, ни многим другим профессорам того времени просто не приходило в голову, что опытный преподаватель способен всего лишь показать интересующимся, как надо работать, но не в силах чему-либо научить скучающих и равнодушных.
По окончании лекции профессор завтракал, после чего снова отправлялся на обход с ординатором или студентом-куратором. Затем, отпустив сотрудников и студентов, он ещё раз заходил в палаты к отдельным больным. Этот распорядок не менялся даже в такие большие праздники, как первый день Рождества или Пасхи.
Помимо исполнения своих основных обязанностей, Захарьин, реализуя поручение медицинского факультета, в 1864 и 1865 годах читал врачебную диагностику студентам третьего курса за ежегодное вознаграждение в сумме 200 рублей.109 В качестве действительного члена Физико-медицинского общества он присутствовал на всех его заседаниях и в 1865 году выступал «с рассуждением о признаках, по коим с большей или меньшей вероятностью можно отличить возвратную горячку от тифа». Его биографы не заметили, однако, что за несколько месяцев до того, как Захарьин обратил внимание на «возвратную горячку»,