В тот же день, 2 (14) сентября 1856 года, Захарьин написал два прошения, адресовав одно из них ректору Московского университета, а другое попечителю Московского учебного округа. Сугубо деловой тон второго прошения немного смягчался выражением надежды на сохранение благосклонности Его Превосходительства, наряду с покорнейшей просьбой о покровительстве; в остальном же оно представляло собой полную копию первого. В самом начале своего письма Захарьин упомянул о мирном договоре между Российской империей и странами антироссийской коалиции, завершившем Крымскую войну и заключённом 18 (30) марта 1856 года.
«Отправляя меня за границу для усовершенствования во врачебных науках ещё до заключения мира, окончившего последнюю войну, Университет назначил мне пробыть год в Германии и Бельгии. Ознакомившись на месте с состоянием Внутренней Медицины и связанных с нею наук – предметами моих занятий, определенными инструкцией Медицинского Факультета, я увидел, что мне, по крайней мере по моим силам, необходимо пробыть приблизительно около 3 или 4 месяцев сверх года в одной Германии для того, чтобы вполне удовлетворить инструкции Факультета и достойно воспользоваться богатствами, представляемыми теми врачебными науками этой страны, которые составляют предмет моих занятий.
Так как при том посещение Парижа сделалось в настоящее время возможным, то я думал, что для цели моего отправления за границу мне было бы полезно познакомиться на месте с французскою медициною и обогатить свои сведения посещением знаменитых медицинских учреждений Парижа. Эти поводы заставляют меня обратиться к Вашему Превосходительству с покорнейшею просьбою исходатайствовать мне позволение пробыть другой год за границею с сохранением получаемого мной содержания 1000 рублей серебром в год и паспорт на проезд во Францию.
Осмелюсь прибавить, что я желал бы, если моя просьба будет найдена основательною, получить паспорт и назначенную на содержание сумму в Берлине через Русское Посольство в этом городе».66
Не в тексте, а в интонации этого послания (особенно последнего его абзаца) университетская администрация могла бы уловить не столько просительную, сколько требовательную нотку. Однако университетское начальство решило тональность этого прошения проигнорировать. В ноябре 1856 года медицинский факультет и Совет университета, одобрив столь замечательное стремление к знаниям, ходатайствовали перед попечителем Московского учебного округа о дозволении господину Захарьину пробыть за границей ещё один год сверх назначенного срока.67 Сам же Захарьин продолжал совершенствоваться во врачебных науках, о чем уведомил декана в очередном донесении:
«Честь имею довести до сведения Факультета, что, оставаясь сентябрь, октябрь и ноябрь месяцы текущего 1856 года в Вене, я занимался следующим:
1. Посещал клиники внутренних болезней Профессоров Оппольцера и Шкоды;
2. посещал клинику грудных болезней Профессора