Помимо текущих отчетов были в ту пору написаны и крупные работы: трактат об организации военных сил республики и обзоры событий в Германии и Франции с углублением в национальный характер этих государств. Макиавелли сочетал две секретарские должности (секретарь, как мы понимаем, – это в те времена скорее «помощник министра») – второй канцелярии, занимавшейся международными делами, и военной комиссии Десяти. В практике военного дела он смыслил мало: сохранились воспоминания современников о том, как теоретик, шагая не в ногу и не умея владеть оружием, пытался муштровать новобранцев. Но ведь не в этих же досадных мелочах дело – он нашел способ служить республике по-своему, не только исполняя обязанности, предусмотренные должностью. Под него, под его новаторскую идею народного ополчения, создают особую магистратуру – Комиссию по делам народного ополчения. Комиссия была приведена к присяге в январе 1507 года, а Макиавелли сделался и ее секретарем – ключевая должность, на которой можно спасти теснимую со всех сторон республику.
Спасти республику не получилось. Искусные дипломаты лавировали между французами и немцами, надеясь, что те помогут им разделаться с местными соперниками и уберутся домой. Но, раз сунув нос в итальянские дела, чужаки уходить отказались. Призывая на помощь против одних иностранцев других, итальянские города навлекли на свою голову еще более страшного завоевателя – испанцев. Народное ополчение мало что могло противопоставить хорошо обученному регулярному войску. Патриотизм, на который понадеялся Макиавелли, не помог, да и непростая штука этот местный патриотизм: среди городов, вошедших в состав Флорентийской республики, многие (и в первую очередь Пиза) сочли бы за патриотизм отделиться от Флоренции и посильнее навредить ей.
В 1512 году произошла реставрация Медичи. Пьеро Содерини, покровитель Макиавелли (поговаривали, что на самом деле республикой правит Никколо, а Содерини, пожизненный гонфалоньер, только ширма), бежал. Макиавелли отстранили от всех его должностей. Понятное дело, их захватили изголодавшиеся в изгнании приверженцы Медичи. Идеологической подоплеки в смещении Макиавелли и его высылке