В Гудермесе и других предгорных районах Чечни вокруг муфтия Ахмада Кадырова и бывшего мэра Грозного Бислана Гантамирова начали объединяться сотни, а потом и тысячи чеченцев, готовых жить в составе России и вести войну против ваххабитов и иноземных наемников, против террористов и экстремистов, фактически захвативших власть в Чечне. Еще осенью 1999 года премьер В. Путин встретился в Белом доме и со многими авторитетными деятелями из чеченской диаспоры, и с Ахмадом Кадыровым, положив начало сочетанию военных и политических методов в решении проблем Чечни. В уже освобожденных районах республики стала формироваться местная администрация в основном из местных жителей. Во главе временной администрации всей Чечни Путин назначил генерала железнодорожных войск Николая Кошмана, уже работавшего в 1995–1996 годах вице-премьером в правительстве Д. Завгаева.
Невозможно было просто отвергнуть всю ту политику, которую проводила Россия в Чечне до 1999 года, а также людей, которые участвовали в проведении этой политики. Напротив, умелое использование опыта предыдущей войны, особенно на ее завершающих этапах, стало важным фактором успеха новой военной кампании. Именно отличившиеся в 1994–1996 годах офицеры в первую очередь привлекались к руководству частями и подразделениями в 1999 году.
Фактическую капитуляцию России в Чечне в августе 1996 года наиболее тяжело переживали в Вооруженных силах, которые понесли здесь большие потери, но были, как считали многие генералы и офицеры, близки к успеху. Были даже случаи самоубийств среди офицеров. Но неудача в Чечне дала также сильный импульс к некоторым реформам в армии и обновлению ее командного состава.
Особенно важным элементом этих перемен стало создание во всех округах и родах войск частей и подразделений постоянной боевой готовности. Раз у страны еще нет возможности обеспечить необходимыми ресурсами всю армию, значит, надо полностью снабдить хотя бы ее часть. Именно эти подразделения постоянной боеготовности и хорошо подготовленные контрактники, а не неумелые новобранцы составили костяк армии, наступавшей в Чечне. Был учтен и опыт войны НАТО против Югославии. Позитивно влияло на настроение армии существенное увеличение денежного довольствия, на которое мог рассчитывать каждый участник военных действий. Но главная причина успеха российской армии состояла в том, что и генералы, и солдаты понимали, чувствовали или догадывались, что от итогов этой войны зависит судьба России.
Большая заслуга Владимира Путина состояла как раз в том, что он уделял очень большое внимание разъяснению причин и необходимости применения силы в Чечне и на Северном Кавказе, не ограничиваясь общими словами о «восстановлении в Чечне российского конституционного