Весной 1991 года положение в стране продолжало ухудшаться. В эти недели было решено «в порядке эксперимента» реорганизовать управление в столицах, образовав здесь избираемые всем населением города мэрии. Предполагалось, таким образом, более четко разделить функции исполнительной и законодательной власти, которые в системе Советов сливались. Московский совет без больших споров принял новый закон, но в Ленинграде депутаты Ленсовета воспротивились образованию мэрии, которая уменьшала возможности и влияние депутатского корпуса. По общему мнению, именно В. В. Путину удалось убедить многих депутатов в необходимости создания мэрии. Это решение было принято, хотя с перевесом лишь в один голос.
Выборы мэров Москвы и Ленинграда были проведены 2 июня 1991 года одновременно с выборами Президента Российской Федерации.
Анатолий Собчак в Ленинграде получил более 70 процентов голосов, хотя против его кандидатуры вели агитацию не только коммунисты, но и многие демократы. При вступлении в должность Собчак объявил, что отныне в городе существует только одна власть, законно избранная народом, и что структуры КПСС больше не имеют права вмешиваться в государственную деятельность.
Мэрия стала новым органом власти и новой структурой. Вся система управления городом была реорганизована. С 28 июня 1991 года в ленинградской мэрии начал работать Комитет по внешним связям, руководителем которого стал Владимир Путин. Немного позднее Путин возглавил также Комиссию по оперативным вопросам, которая обсуждала и принимала решения по множеству неотложных городских проблем. Эта комиссия выполняла, по существу, функции городского правительства. На время частых отъездов Собчака из города именно Путин становился ключевой фигурой городской администрации. Собчак мог даже оставить ему чистые листы бумаги со своей подписью. «Доделайте сами», – говорил он в таких случаях Путину.
ГКЧП, попытка путча 19 августа 1991 года застала Анатолия Собчака в Москве. Утром он встретился с Ельциным, а затем поехал в аэропорт Шереметьево и в Ленинград вернулся около четырех часов дня. Из аэропорта Пулково поехал в штаб Ленинградского военного округа. После этого Собчак выступил по городскому телевидению.
Обстановка в городе была напряженной, но войска оставались в казармах. В огромной манифестации против ГКЧП на Дворцовой площади приняли участие сотни тысяч человек. Путин находился в это время в отпуске в Прибалтике, он смог вернуться в Ленинград