Нищенское положение архимандрита напрямую было связано с недавно проведённой секуляризацией духовных имений. Такую политику, направленную на подрыв экономической самостоятельности русского духовенства и подчинение её своему политическому влиянию, начал активно проводить Пётр I, учитывая при этом опыт своих предшественников. Далее её продолжил Пётр III, и в конечном итоге вялотекущую церковную реформу успешно завершила его жена. Столь кардинальный подход к этому вопросу, безусловно, ущемлял экономическую самостоятельность части духовенства. Их глухой ропот во всеуслышание озвучил митрополит Ростовский Арсентий Мацевич. В начале 1763 года он выступил с резким протестом против того решения вопроса о церковных имениях, какое наметила императрица. За это Арсений был лишён сана и заточён в монастырь. Указом от 26 февраля 1764 года все крестьяне, принадлежащие монастырям, архиерейским домам (около 1 миллиона человек мужского пола) были переданы в ведение Коллегии экономии. Для них были составлены новые штаты, а жалование отпускалось из той же Коллегии. По этой же причине Екатерина II не разрешила духовенству участвовать в Уложенной комиссии, боясь серьезного противодействия своим реформам. Эта реформа превратила церковь в бюрократическую контору, которая в дальнейшем стояла на страже интересов самодержавия. «Церковь с её тысячелетними традициями защиты униженных и поверженных государством, церковь, которая «печаловалась» за казнимых, публично осуждала тиранов, стала послушным орудием власти и тем самым во многом потеряла уважение народа, впоследствии так равнодушно смотревшего и на её гибель под обломками самодержавия, и на разрушение её храмов» (Е. В. Анисимов).
В последние годы туман, скрывавший историю находки единственной рукописи «Слова», несколько рассеялся благодаря большой и кропотливой работе, проделанной советским филологом Г. Н. Моисеевой, которая весьма убедительно восстановила историю «обретения» Хронографа в своей книге «Спасо-Ярославский Хронограф и СПИ»[19]. Вероятно, где-то в середине 80-х годов XVIII века Мусин-Пушкин, часто бывавший в Ярославле проездом в своё имение Иловна на Мологе, взял для ознакомления четыре древних книги из библиотеки