На Дону отношения казаков с Церковью были весьма своеобразны. В частности, вдовые священники на Дону служили с незапамятных времён. У днепровских казаков всегда священники в Сечи и её паланках были из монахов, и в Черкасске с запорожцами были тоже священники-монахи, а на Дону это было совсем необязательно. На Николин день на Дону освящали водку вместо воды, и разносили молящимся в храме. Подобных донским церковных обрядов и обычаев не было на всём остальном пространстве Российской империи. Общемосковских церковных порядков не было также и в епархии Сугдейско-Азовской, ведению которой принадлежали древние готаланы.
* * *
За поимку вождя восстания Емельяна Пугачёва донской полковник А. И. Иловайский грамотой Екатерины II был назначен наказным атаманом Войска Донского и награждён чином армейского полковника, а через год пожалован войсковым атаманом. Иловайский, несмотря на участие в подавлении казачьего восстания за свои права и вольности, оставался в душе истым казаком. Поэтому он старался поддерживать старые казачьи устои и оградить самобытность Войска от каких-либо нововведений и поползновений фаворитов царицы.
Подтверждением этому в делах Синода имеются донесения епископа Воронежского, что атаман Иловайский запрещает ему вмешиваться в духовные дела казачьих приходов, так как причты их определяются с утверждения «Казачьяго Круга и старшин», и даже набил колодки на протопопа Черкасского собора за то, что тот осмелился власть своего архиерея поставить выше «веча», то есть Круга Старшин. Епископ доносил также, что казачьи церкви не ведут венечных записей и метрик.
Этими донесениями объясняется многое. Атаман Иловайский не был ни изувером, ни крамольником, напротив, считался человеком просвещённым и заботился о насаждении образования на Дону и поднятии его экономического развития. Иловайский действовал так в отношении «московской Церкви» под нравственным влиянием Войскового Круга, состоявшего в то время ещё из наследников вольных казаков.
Запорожское Войско являлось идеологической, организационной и военной базой в борьбе днепровских казаков за свою самостоятельность. В какой-то мере свидетельством этого может служить написанная в XVIII веке казачья икона «Покрова» с изображением на ней совсем не вписывающегося в строгие каноны московской Церкви символа казацкой независимости – гетмана Богдана Хмельницкого.
Казаки крепко держались своего быта и по мере сил берегли свою автономию. Возможно, благодаря этому глухому сопротивлению была 5 апреля 1829 года учреждена самостоятельная Новочеркасская и Георгиевская епархия, которую специально для казаков выделили из состава Воронежской епархии, давно погрязшей