Приняв должность первоиерарха Хорватской Православной Церкви, Гермоген взвалил на свои плечи огромный груз и вызвал на себя шквал звериной ненависти со стороны самых разнообразных политических сил! 6 июня 1942 года митрополит Анастасий обнародовал гневную резолюцию. За возглавление Автокефальной Православной Церкви Анастасий немедленно исключил казачьего архипастыря из Архиерейского Синода РПЦЗ. За «удар по братской Сербской Церкви» (то есть, по лукавому Гаврило Дожичу) он назначил над Гермогеном церковный суд (который, впрочем, так и не состоялся). При этом, предрешая судебную санкцию, Анастасий назвал действия Гермогена «каноническим преступлением». Всю информацию о действиях Гермогена Анастасий получил из хорватской прессы. То есть, он даже не предпринял попыток лично связаться с заслуженным архиепископом!
Нетрудно догадаться, что Анастасий торопился. Он запретил Гермогена в священнослужении за день до его поставления в митрополиты Хорватии! Однако ж, в любом случае, резолюция Анастасия не имеет канонической силы. Ведь на момент её подписания Гермоген уже принял предложение Павелича возглавить Хорватскую Православную Церковь – и тем самым автоматически вышел из юрисдикции РПЦЗ, не теряя архиерейского статуса.
8 июня 1942 года митрополит Гермоген присягнул на верность Независимой Державе Хорватской и её Поглавнику д-ру Анте Павеличу. Вскоре Гермогеном были поставлены наместниками: Серафим Купчевский в Загребе, Николай Ружнецов в Сараево, Анатолий Парадиев в Зенице и Василий Юрченко в городе Шид.
Первоначально Гермоген проживал с ближайшими помощниками в отеле «Эспланда», а летом 1942 года ему выделили под резиденцию здание на ул. Прилаз, 71.
«Мы, нижеподписавшиеся, проживавшие во время последней войны в Белграде, присутствовали в Белградской Свято-Троицкой церкви, когда владыка митрополит Анастасий в воскресный день с амвона сообщил о состоявшемся решении Архиерейского Синода об исключении архиепископа Гермогена из состава Русского Архиерейского Синода Заграницей и о предании его церковному суду при первой к тому возможности (наличие полагающегося числа епископов)», – вспоминала в 1948 году группа русских белградцев во главе с Илларионом Ланским.
С. В. Троицкий, М. В. Шкаровский и В. И. Косик утверждают, что «ХПЦ была создана вопреки всем существующим церковным канонам». Но это неверно! Ибо митрополит Гермоген действовал практически по той же самой схеме, что и первый возглавитель Белокриницкой Старообрядческой Церкви греческий митрополит Амвросий (1846 год).
В июне 1942 года Гермоген совершил пастырскую поездку в Срем и торжественно открыл несколько ранее закрытых православных храмов. 7 июля 1942 года Гермоген посетил Хорватский Сабор,