Эти обстоятельства не помешали Агапиту явиться через 5 месяцев на Юго-Восточный русский церковный Собор – где почётным, а потом и реальным председателем стал как раз Антоний Храповицкий! Можно спросить: ну, а на что Агапит вообще-то рассчитывал? Причём, для Гермогена особо неприятным был тот факт, что Агапит Вишневский активно поддержал восстание Симона Петлюры против гетмана Павла Скоропадского. Гетман был надёжным союзником донского атамана Петра Краснова. Ведь именно возрождённая Гетманщина, включившая в себя в 1918 году часть бывших земель Слободского Казачьего Войска, в 1651—1765 годах в состав Гетманщиы не входившего, контролировала Харьковский железнодорожный узел и, таким образом, прикрывала Землю Всевеликого Войска Донского с наиболее угрожаемого северо-западного направления. К тому же, некоторые видные петлюровцы (тот же Владимир Винниченко) на момент антигетманского восстания были в сговоре с большевиками. Вследствие чего это восстание и проторило большевикам путь на Киев, на Харьков, а через Харьков – на Верхний Дон! Но, как бы там ни было, а посетить свою новую епархию Гермоген не смог. Ибо в Екатеринославе в конце 1919 года хозяйничал Нестор Махно – который тогда тоже был союзником большевиков…
В самом конце 1919 года, перед оккупацией большевиками Новочеркасска, Гермоген покинул донскую столицу и ушёл в отступ, тогда как Митрофан Симашкевич решил остаться на Дону. «В декабре 1919 года Гермоген, вместе с сыном-гимназистом и келейным дьяконом на обычной телеге отправился из Донского края на Кубань под охраной 1-ой сотни Донского Кадетского Корпуса, переживая и голод и холод, как и многие тысячи беженцев. Но бо́льшая беда таилась в измученных душах людских, которые уже ни во что не верили, а ещё были и те, кто имел наживу на горе человеческом, несмотря на наступающий большевисткий ужас…
Прибыв в Новороссийск, где уже находилось Высшее Церковное Управление на Юге России, епископу Гермогену было дано место на больничном пароходе «Владимир» среди тифозных больных, в качестве судового священника. 14 марта 1920 года «Владимир» вышел в Крым, но, получив новое распоряжение, направился в Константинополь (Стамбул), а оттуда в Солунь (Салоники), где и были сняты раненные и часть больных, а остальные (до 2-х тысяч) отправлены на угрюмый остров Лемнос, где владыка Гермоген и поселился в военной палатке. Остров Лемнос стал той землёй, где владыка провёл первые