Ещё один сын, Царевич Симеон Алексеевич, скончался 18 июня 1669 года, вскоре после того, как ему исполнилось четыре года, и был похоронен в Царской усыпальнице – Архангельском соборе Московского Кремля.
Только третьему сыну Алексея Михайловича, Фёдору (Феодору, 1661–1682), выпала доля носит корону Русского Царства. Он вступил на Престол после смерти отца 29–30 января 1676 года и венчался на царство в Успенском соборе Московского Кремля 18 июня 1676 года. Несмотря на слабое здоровье, он сумел прекрасно подготовиться к Царскому служению и получил блестящее образование под руководством упоминавшегося Симеона Полоцкого. Знал латинский и польский языки, сам писал музыку к церковным песнопениям и явился одним из основателей Славяно-греко-латинской Академии.
Подобно своему отцу Царю Алексею Михайловичу, Царь Фёдор III отличался глубочайшим благочестием. В его царствование учредили ряд новых епархий. Осуществлялись меры по изживанию раскола, шла борьба с внутрицерковными «бесчиниями и нестроениями». Основной внешнеполитической задачей царствования стало противостояние Турции и Крымскому Ханству, пытавшимся отторгнуть территории в союзе с предателями на Украине.
Царь Фёдор III был женат дважды: в 1679 и 1682 годах. Первая его супруга Царица Агафья Семёновна (урожденная Грушецкая, 1661–1681) скончалась 14 июля 1681 года вместе с только что родившимся Наследником Царевичем Илией Феодоровичем. Во втором супружестве, длившемся два месяца, Государь состоял с Царицей Марфой Матвеевной (урожденной Апраксиной, 1664–1715), не успевшей произвести на свет потомства.
…В марте 1669 года, 3-го числа, скончалась горячо любимая и высокочтимая супруга Алексея Михайловича Царица Мария Ильинична. Царь был безутешен: ведь с Марией он прожил практически всю свою сознательную жизнь. С ней он делил все радости и печали – вместе молились, совершали паломничества по святым обителям, обсуждали все важные государственные дела; с ней вместе радовались появлению детей и вдвоём тихо горились, когда те, до срока, умирали. А теперь нет её, и он один в опочивальне; Мария, или, по-семейному, Маруся, больше не придёт и не с кем перед сном слово молвить.
Похоронили Царицу 4 марта, и в официальном объявлении о «преставлении Царицы Марии Ильиничны» говорилось, что процедурой отпевания и похорон руководил Патриарх и звон «был плачевный».
Оставшись вдовцом, Алексей Михайлович затосковал. Все чаще призывал он к себе «ближнего советчика» Артамона Матвеева (1625–1682), которого ценил за ум, честность и образованность. Матвеев мог интересной беседой и добрым словом развеять царскую печаль, отвлечь от грустных мыслей.