Наброски к математическому исследованию Софии мы находим в «Записных тетрадях (1904–1905)». Здесь Флоренский определяет Принцип Единства множественности элементов-монад. Единство, с одной стороны, «должно как-то в себя эту множественность уже включать, и притом объединенной», с другой же стороны, Единое должно быть «сверхмножественным, всеединым, универсальным Принципом».[83] Множественность должна быть реальна, носить в себе различия и быть самостоятельной, т. е. быть свободной, «элементы ее должны свободно подчиняться Единству или хаотическими взрывами самоутверждения действовать против него».[84] Возникает кажущееся противоречие: с одной стороны, Единство уже объединило множественность, и в этом объединении невозможно разъединение; с другой стороны, «множественность должна быть свободна, и не должна быть связана насильно Единством». Множественность, уже объединенную Единством, Флоренский назвал Софией; множественность монад, которая свободна в своем подчинении или неподчинении Единству, он назвал Великой Матерью (Ахемофа). Христос-Логос-Единство от века объединяет Софию, но не Великую Матерь, которая не может ни сама объединиться, ни обратиться ко Христу-Единству о своем объединении. Свободные монады сами от себя должны молить Христа об единстве. Христос есть «Единство всего, полное единство»[85] монад-элементов как «идеальных личностей». Тогда София есть «организм идеальных личностей», которые не меняют множественности ни Христа, ни Софии, вне зависимости от того, приходят они ко Христу или не приходят. Уподобляясь своей идее, личность приобщается к Единству и «Великую Мать вводит соответственно в Единство и Строй».[86] Здесь мы видим некий аналог учения о Софии Небесной и Софии Земной.
В тех же «Записных тетрадях (1904–1905)» Флоренский намечает отношения между Великой Матерью, Материей, Природой, Софией, Церковью, Богородицей, Христом, Антихристом. Отметим личностный характер всех этих образований. Флоренский выделяет следующие моменты в собирательном существе Богочеловечества становящегося (= миру, Природе)»:
Материя-Матерь – «реальная основа будущей Природы», «бескачественная и неоформленная потенция всякого будущего (диалектически) бытия»; ее называют Великая Мать, Magna Mater, Кибела, Пракрити и т. д. Она есть реальная собирательная основа личности. Ей соответствует материальный момент человеческой личности.[87]
«Идея природы, ее das Sein sollende, первозданный Мир, София Премудрость Божия, Церковь мистическая, Система схем и образов всего, Хохма».