Вторая записка Г.С. Фонвизина заключала в себе ответы на целый ряд важных вопросов, которые поставила война перед Российской империей. Среди них были вопросы о Константинополе, дальнейшей судьбе Вселенского Патриархата после «водворения русской власти» в Царьграде, а также «вопрос об Афоне, ввиду того, что он остался вне территориальных границ Турции, будучи оккупирован греческими войсками» в ходе Балканской войны 1912 г. Примечательно, что в афонском вопросе точки зрения российского МИДа и Вселенской Патриархии, «если не совсем совпали, то, во всяком случае, оказались весьма близкими, ибо одним из пожеланий, выраженных Россией относительно Св. Горы, было дальнейшее оставление ее под духовным главенством Вселенского Патриарха»[29].
В начале записки давалась картина устройства Константинопольской Церкви и ее управления, рассматривались отношения Вселенской Церкви к Греции и к России после Балканских войн, в результате которых Фанар оказался под жестким контролем греческого правительства, а к России стал относиться непорядочно и неискренне. Однако в дальнейшем он стал задумываться над возможностью изменения опоры на Афины в пользу Петрограда. Отказавшись от идеи уничтожения самостоятельности Константинопольской Церкви, автор записки предлагал несколько изменить ее положение и внутреннее устройство. Наиболее подробно Г.С. Фонвизин останавливался на теме развития отношений между русской церковной властью и Вселенским Патриархатом, а также на проблеме отношения Фанара к русской гражданской администрации. Если при османской власти архиереи этого Патриархата отчасти привлекались к гражданскому управлению, то «при русской власти гражданский строй не потребует участия вероисповедных духовных представителей», и «иерархи не будут более отвлекаться от исполнения своих церковных обязанностей». Автор записки рассматривал будущее положение Константинопольской Церкви, ее архиереев и паствы в условиях, когда «при водворении русской власти» константинопольская православная община «не будет иметь основания пользоваться особым положением, выделенным из среды других частей населения»[30].
Предполагая «в новых условиях» сокращение количества митрополий Константинопольского Патриархата, а также появление на берегах Босфора значительного количества русских людей, для которых понадобятся русские храмы и духовенство, Г.С. Фонвизин рекомендовал ввести в состав Константинопольской Церкви русского архиерея в качестве полноправного члена Синода, предложил