После замужества обеих законных дочерей Мария Николаевна часто ездила за границу. Бывала она и на могиле брата Николая Николаевича. В 1873 году умер Клен. За несколько месяцев до его смерти они случайно встретились за границей. Какой была эта встреча, неизвестно, но Мария Николаевна потом говорила, что узнала от Клена, что он писал ей, но она этих писем не получала. Она тяжело переживала смерть любимого человека и всерьез начала думать о самоубийстве. Тогда-то и появилось ее письмо к брату Льву, навеянное смертью де Клена и чтением «Анны Карениной»: «Боже, если бы знали все Анны Каренины, что их ожидает, как бы они бежали от минутных наслаждений, потому что все то, что незаконно, никогда не может быть счастием…»
С этого момента в нравственной жизни Марии Николаевны наступает перелом. Она начинает осуждать не мужа, но себя. Она совершила, по ее мнению, греховный поступок. Вместо того, чтобы безропотно нести свой крест до конца, она оставила мужа и тем самым обрекла себя на череду дальнейших грехопадений.
Вернувшись в Россию с Еленой, уже сознательной девочкой, воспитанной по-европейски и плохо говорившей по-русски, Мария Николаевна первое время боялась при людях признавать ее своей дочерью и выдавала за свою воспитанницу. Братья Сергей и Лев этого не понимали, они открыто называли ее своей племянницей. В результате отношения дочери и матери оказались непростыми. Елена рано ушла от матери, жила самостоятельно и вышла замуж за юриста, судебного чиновника в Воронеже, а затем в Новочеркасске – Ивана Васильевича Денисенко. Именно к ним, к Денисенкам, направлялся Лев Толстой, когда бежал из Ясной Поляны в октябре-ноябре 1910 года.
После личных драм с Валерианом и де Кленом Мария Николаевна встала на путь монашества. Но это случилось не сразу. Сначала поселилась в Белевском женском монастыре Тульской губернии, откуда писала брату Льву:
«Ты ведь, конечно, интересуешься моей внутренней, душевной жизнью, а не тем, как я устроилась, и хочешь знать, нашла ли я себе то, чего искала, то есть удовлетворения нравственного и спокойствия душевного и т. д. А вот это-то и трудно мне тебе объяснить, именно тебе: ведь если я скажу, что не нашла (это уж слишком скоро), а надеюсь найти, что мне нужно, то надо объяснить, каким путем и почему именно здесь, а не в ином каком месте. Ты же ничего этого не признаешь, но ты ведь признаешь, что нужно отречение от всего пустого, суетного, лишнего, что нужно работать над собой, чтоб исправить свои недостатки, побороть слабости, достичь смирения,