При исследовании вертикальной термохалинной структуры используются понятия водных масс и термохалинный (ТС) анализ. Исследованию строения СЛО и определению водных масс (структурных зон) СЛО посвящено много публикаций (Ширшов, 1938; Тимофеев, 1948, Никифоров и Шпайхер, 1980; Aagaard, Swift, Carmack, 1985). По современным представлениям (Никифоров и Шпайхер, 1980) в строении Арктического бассейна выделяются четыре основные структурные зоны: поверхностная, промежуточная, глубинная (воды атлантического происхождения) и донная. Воды каждой зоны имеют характерные значения океанографических характеристик (температуры, солености, плотности, гидрохимических показателей) и пределы изменения параметров, которые в совокупности и составляют параметры конкретной структурной зоны.
Поверхностная структурная зона включает холодные, наиболее распресненные воды и располагается от поверхности до скачка плотности (первый экстремум второй производной плотности по глубине) на глубинах 15–50 м в зависимости от сезона. Этот слой, наиболее однородный по вертикали, занимает всю акваторию бассейна. Температура воды в слое преимущественно отрицательная, причем в зимнее время близка к температуре замерзания, и изменяется незначительно (от –1 °С до –1,7 °С). В противоположность температуре, соленость поверхностного слоя варьирует в больших пределах. В Амеразийском суббассейне поверхностный слой более распреснен (соленость составляет 29–32 ‰), чем в Евразийском суббассейне (соленость составляет 31–34,5 ‰). Такое отличие является следствием различных региональных условий ледообразования и таяния льда, поступления материковых вод и особенностей циркуляции вод и льдов в регионе.
Промежуточная структурная зона располагается между поверхностным слоем и слоем атлантических вод на глубинах от 15–50 м до 100–200 м. Верхняя граница располагается, как указано выше, на глубине первого изгиба профиля плотности, а нижняя граница условно проходит на глубине положения второго изгиба профиля плотности (второй экстремум второй производной плотности по вертикальной координате) и располагается близко к нулевой изотерме. В промежуточной структурной зоне располагается главный пикноклин АБ. В Евразийском суббассейне промежуточные воды составляют переходную зону от распресненных и холодных поверхностных вод к теплым и соленым атлантическим водам. Периодически здесь наблюдаются прослойки более холодных и сравнительно соленых вод, составляющих так называемый холодный халоклин. Холодный халоклин составляют воды, образующиеся в окраинных районах суббассейна в результате охлаждения и осолонения при ледообразовании