С одной стороны, религиозная тематика мало представлена в деятельности ЕС. На основании интервью с депутатами Европарламента, к примеру, Франсуа Форе делает вывод, что влияние церквей в принятии политических решений практически незаметно, а религиозный фактор светские политики не учитывают. Партии, входящие в Европарламент, поднимали тему религии редко (минимальный процент решений связан с церковными вопросами)[70]. С другой стороны, исследователи находят много общего между риторикой Католической церкви и ценностями ЕС, которые выражены на светском языке в рамках обсуждения «духовного измерения Европы» и «европейской души». Церковь распространяет свои ценности через иерархию и верующих, а также через консультационные и кооперационные подразделения церкви, поддерживая политический порядок ЕС[71]. Как отмечает П. Кратохвил, отношения ЕС с религиозными общинами всегда были двойственными – отцы-основатели ЕС были христианами, но при этом ЕС долгое время противостоял влиянию церквей. Лишь в 2010-е гг. удалось наладить постоянный диалог с религиозными группами, а присутствие религии в публичном пространстве снова приемлемо[72]. Контакты структур ЕС и церквей интенсифицировались после заключения Лиссабонского договора – от формальных встреч до неформального взаимодействия, появления лоббистских групп и советников по религии президента Еврокомиссии. Сила церкви стала расти из-за того, что вырос интерес к религии в ЕС. Кроме того, церковь научилась использовать различные формальные и неформальные каналы влияния на политиков. По словам П. Кратохвила и Т. Долежаля, нового «союза трона и алтаря» не произошло, но ЕС и Католическая церковь создали непростой альянс, который легитимизирует интеграционный проект в глазах европейских католиков и делает церковь заметной в политике ЕС[73].
В рамках анализа роли церквей в процессе евроинтеграции исследователи подчеркивают, что на первом этапе христианские церкви были слабо включены в процессы создания европейских сообществ, но с 1990—2000-х гг. появились и представительства церквей при ЕС, и специальные представители по взаимодействию с религиозными общинами[74]. Модель, отражающая место и роль церквей в евроинтеграции, состоит из двух аспектов: церкви формируют идентичность и проявляют себя как негосударственные субъекты. Религиозные институты