С началом войны ситуация принципиально не изменилась. 9-й корпус продолжал выполнять прежние задачи, а призрак Крита продолжал витать в Генеральном штабе. Маршал Шапошников в переговорах с командующим войсками Крыма Батовым постоянно напоминал, что «успех немецкого десанта в Крыму до крайности обострил бы положение не только на Южном фронте. Из Крыма один шаг на Тамань и к кавказской нефти». И требовал принять «все меры противодесантной защиты как на берегу, так и внутри Крыма». И генерал-лейтенант Батов их принимал. В Крыму были созданы 33 истребительных батальона. Они контролировали все районы, удобные для посадки самолетов, и железную дорогу на участке Армянск – Феодосия.
Но их создание не укрепило оборону Крыма даже в противодесантном отношении, так как одновременно с этим из Крыма убыла на фронт 32-я кавалерийская дивизия.
После начала войны части обеих стрелковых дивизий приступили к активному строительству оборонительных сооружений. Строили ДОТы, ДЗОТы, окопы, однако не на Перекопе, а на побережье. На возводимых оборонительных рубежах проводились частые учения, направленные на отработку взаимодействия армейских частей с флотом при отражении морских десантов. Несмотря на то, что вооруженные силы Крыма не были подчинены флоту, исходя из характера стоящих перед ними задач, наиболее тесно они взаимодействовали с командованием Черноморского флота. Как вспоминал впоследствии Батов, «поскольку Ставка Верховного Главнокомандования и Южный фронт тогда не интересовались положением в сухопутных войсках Крыма – им было не до нас, – нам приходилось получать ориентировку преимущественно через штаб флота».
Штабу же Черноморского флота постоянно мерещились вражеские десанты, штурмующие базы флота и берега Крыма. Из штаба в Одесскую и Николаевскую военно-морские базы, в командование войск Крыма практически ежедневно поступали устрашающие ориентировки о вскрытых флотской разведкой приготовлениях к тому или иному десанту.
При этом совершенно не учитывалась реальная обстановка. От румынских портов до Крыма было более трехсот километров, а от линии фронта – и все пятьсот. Истребители прикрытия не могли эффективно защищать самолеты с десантом на таком расстоянии от массированных ударов советской истребительной авиации. А время подхода кораблей противника к полуострову позволяло стянуть против него все силы Черноморского флота, господствовавшего на этом театре военных действий. Опыт Крита и Норвегии переносился на Крым чисто механически.
Начало подобной практике оказалось положено уже 22 июня, когда авиаразведкой были обнаружены 10 транспортов противника, предположительно движущихся в направлении