О, русский лес! Сколько слышал ты воздыханий неизглаголанных, сколько вторил шепоту молитвы пустынников, сколько, увы, видел ты и злодейств!
Когда покушение на о. Серафима оказалось известным по всей местности, встал вопрос об отдании злодеев под суд, но о. Серафим категорически отказался от этого, сказав, что в противном случае он удалится из Саровской пустыни навсегда. Игумен Исаия внял его просьбе о прощении злодеев, которые, впрочем, вскоре были наказаны Самим Богом: избы их сгорели, и, оставшись бездомными, те, которые разгромили келью святого жителя Саровского леса, сами явились к нему, пали ему в ноги и со слезами раскаивались в своем преступлении.
Мы упоминали уже о кончине игумена Пахомия и о водворении нового игумена, о. Исаии, бывшего ранее казначеем. В лице нового игумена, родом из суздальских купцов, о. Серафим приобрел святой жизни духовника, верного друга и собеседника. От времени до времени о. Исаия любил навещать отшельника в его дальней пустыньке; в последний год жизни игумен отправлялся туда в маленькой тележке, которую везли братья, и оба старца укреплялись духовной беседой и единением сердец.
Старец Исаия умер в 1807 году. В третий раз о. Серафиму предложили стать игуменом Саровским, но он снова отказался от сего предложения. Был тогда избран иеромонах Нифонт, который поступил в обитель при игумене Пахомии, через девять лет после вступления в нее о. Серафима. Некоторые летописцы Саровской обители стыдливо скрывают ту неприязнь, которую питали к о. Серафиму игумен Нифонт, да и часть братии, в течение всей его жизни. Эта неприязнь, основанная на зависти, порождала мелочное вредительство, клевету и постоянное оспаривание самого дела создания Дивеевской общины.
После смерти игумена Исаии на долю о. Серафима выпал новый подвиг, подвиг молчальничества. В глуши лесной он стал как бы глухим, в немолчной чаще он стал как бы немым! Когда встречался кто из братии ему на пути, то преподобный падал лицом к земле и так оставался, пока не проходил посетитель. Так прошло три года в полном отречении от мира, ибо не видно было старца даже на праздничных или воскресных литургиях в монастыре. Некое устное монашеское предание утверждает, что такое поведение о. Серафима было вынуждено недоброжелательным отношением к нему отца игумена и той же группы Саровских монахов. Молчание позволяло преподобному избегнуть осуждения братьев и продолжать в мире свой молитвенный подвиг.
В ту пору пятидесятилетний о. Серафим казался гораздо старше: после избиения его ворами облик его стал как бы надломленный, сильно сгорбленный; чтобы ходить, ему надо было опираться то на палку, то на топор, то на мотыку, да и то было трудно из-за постоянной боли в ногах. С годами он все же окреп и мог даже рубить деревья в лесу, но в период молчальничества, особенно зимой; он должен был прибегать к услугам монастырской трапезной: