Третий период (1552–1727) начинается со взятия Казани. Затем через несколько лет происходит присоединение Ногайской Орды и Астраханского ханства, а с 1582 г. – завоевание Сибирского ханства и начало стремительного движения на восток до Тихого океана. Это период быстрого расширения территории Российского государства, когда за несколько десятков лет территория увеличивается во много раз, к ней присоединяются и десятки новых мусульманских, языческих народов. Православное государство в число своих главных задач включает христианское просвещение и содействие ему. Организуются действенные миссионерские экспедиции. Создаются первые миссионерские структуры. Перед монастырями ставятся миссионерские, просветительские и образовательные задачи (свтт. казанские Гурий, Герман и Варсонофий, прп. Иосиф Волоцкий, митр. Филофей (Лещинский) и другие). Направляется духовная миссия в Пекин. Начинается просвещение прежде всего сибирских народов. Заканчивается период кончиной митрополита Тобольского Филофея, апостола Сибири.
Четвертый период (1727–1800) характеризуется ослаблением веропроповеднической деятельности. Естественное распространение христианства в Поволжье, Сибири и Северных областях встречало значительные препятствия во время длительного царствования Екатерины II. Отчасти это было связано с секуляризацией церковного имущества, закрытием 4/5 монастырей и другими трудностями жизни Церкви, государства и народа в этот синодальный период. Однако были и отрадные явления: в частности – образование Конторы новокрещенских дел в Поволжье, Осетинской духовной миссии на Северном Кавказе и Кадьякской миссии на Аляске. Период заканчивается оживлением религиозной жизни в различных слоях российского общества и одновременно активизацией ислама.
В пятый период (1800–1827) оживляется религиозная жизнь как православного народа, таки мусульман и буддистов. Ислам поднимается в Казанском крае, в других областях Поволжья и Сибири. Целые деревни старокрещеных татар переходят из православия в ислам, а за ними – мордва, чуваши, черемисы. В связи с быстрым распространением ислама по всему Поволжью последовали указы и послания Священного Синода об усилении миссионерской деятельности, которая постепенно активизировалась.
Шестой период (1827–1870) – время подъема миссионерской деятельности и создания систем миссионерского просвещения, переводческой деятельности, школьной системы и подготовки миссионерских кадров для многих непросвещенных народов. Расцветает Казанская миссионерская школа, Алтайская, Якутская и другие внутренние миссии, создаются и успешно развиваются внешние миссии (Японская, Палестинская и др.). Заканчивается этот период созданием Православного миссионерского общества, которое стало привлекать к делу проповедования веры практически весь народ.
Расцвет русского миссионерства приходится