Выяснилось, однако, что далеко не все войско запорожское последовало за Выговским, многие остались верны Москве, и выбрав себе нового гетмана Беспалого, начали войну с Выговским. 15 января 1659 г., кн. А. Н. Трубецкой с большим войском выступил на помощь Беспалому. Но в конце июня это войско постиг жестокий разгром под Конотопом. Туда пришли татарский хан и Выговский со своими приверженцами. Один из русских предводителей, кн. С. Р. Пожарский, увлекшись преследованием казаков, попал в ловушку, был смят татарами и очутился со своим войском в плену. Самого его за буйное поведение (он плюнул хану в лицо) казнили; остальных русских пленных, в количестве 5000 человек, казаки вывели на поле и перерезали, как баранов.[57] Узнав о гибели отряда Пожарского, Трубецкой в страшном беспорядке отступил в Путивль. Если бы татары захотели, они могли бы в этот момент беспрепятственно дойти до самой Москвы. Но хан, поссорившись с Выговским, увел свои войска в Крым, а Выговский должен был вернуться в Чигирин. Он пробовал оттуда действовать против москвичей, выслав на них своего брата Данилу с войском, но 22 августа Данило был наголову разбит.
30 августа, воевода Шереметев писал из Киева царю, что полковники переяславский, нежинский, черниговский, киевский и лубенский – снова присягнули царю. Услышав об этом, западная сторона Днепра тоже стала волноваться и почти вся отошла от Выговского. Казаки собрались вокруг Юрия Хмельницкого – сына Богдана, который 5 сентября писал Шереметеву, что он и все войско запорожское хочет служить государю. В тот же день, воевода Трубецкой двинулся из Путивля на Украину и везде был встречаем с триумфом, при громе пушек. Особенно торжественную встречу устроил Переяславль. Население повсеместно присягало царю.
Получилось так, как предсказывал Андрей Потоцкий, прикомандированный поляками к Выговскому и командовавший при нем польским вспомогательным отрядом. Наблюдая события, он писал королю: «Не изволь ваша королевская милость ожидать для себя ничего доброго от здешнего края. Все здешние жители (Потоцкий имел в виду обитателей правого берега) скоро будут московскими, ибо перетянет их к себе Заднепровье (восточная сторона), а они того и хотят и только ищут случая,