Но самое крупное извержение было около 1400 г. до н. э. Взрыв исполинской силы потряс Эгейское море. Остров, на котором прежде находился вулкан, взлетел в воздух и превратился в пыль. Погибла цивилизация этого острова. Огромная волна прокатилась по всему Средиземноморью, вызвав многочисленные наводнения.
В наше время большинство исследователей согласны с тем, что извержение Санторина может истолковать некоторые легенды. Например, библейский рассказ о «казнях египетских». Выпадением токсичного пепла можно объяснить превращение речных вод в кровь, описанное в Библии. Вулканический пепел часто имеет кровавый оттенок из-за наличия в нём соединений железа. Токсичность пепла приводит к отравлению питьевой воды – этим и объясняется случившаяся после выпадения пепла (и превращения вод в кровь) моровая язва. Также выносом пепла и вулканической пыли в верхние слои атмосферы можно объяснить и град, так как частицы пепла, попавшие в облака, могут служить центрами, вокруг которых потом нарастают слои льда. Это приводит к образованию градин. «Тьма египетская» также может быть следствием затемнения, начавшегося после выноса вулканической пыли в верхние слои атмосферы. Представление о боге, «шествующем в столпе облачном» и «в столпе огненном», возможно, навеяно рассказами о вулканических выбросах, об огненном и пылевом столбе, поднявшемся над вулканом. Волны, обрушившиеся на острова и побережье Средиземного моря после извержения, привели к появлению рассказа об отступлении вод и последующем затоплении войск фараона.
Правда, нет ни одного другого свидетельства о сём бедствии, кроме текста Священного Писания. Молчат надписи египетских царей. Одно можно сказать с уверенностью: ни один фараон не погибал так, как это описано в Библии. Тогда, в середине II тыс. до н. э., обширные территории Передней Азии, в том числе Палестина, были под властью египетских фараонов. Катастрофа приходится на годы правления знаменитого фараона-реформатора Аменхотепа IV Эхнатона (1424–1388 гг. до н. э.) и царицы Нефертити. Естественно, в сохранившихся документах того времени нет упоминания об исходе евреев и Моисее.
События, послужившие материалом для библейского рассказа, были слишком незначительны, чтобы удостоиться упоминания. Лишь в надписи на стеле в Карнаке времён Тутанхамона (1354–1345 гг. до н. э.), наследника Эхнатона, говорится о неких неудачных походах войск Эхнатона на границах Палестины: «Была страна в упадке. Отвернулись боги от этой страны. Если посылали войско в Палестину, чтобы расширить границы Египта, то не выпадал ему на долю какой-либо успех».
Позднее Палестина была ослаблена длительными войнами, вторжением «народов моря», а в XII–XIII вв. попала под власть иудеев. К этому времени относится и первое упоминание о государстве Израиль в надписи за 1243 год до н. э фараона Мернепта, сына Рамсеса