В Wolfenstein 3D игроки могут собирать сокровища. В интерфейсе есть счетчик очков (от которого избавились в DOOM), а на уровнях присутствуют секретные области с боеприпасами, аптечками и драгоценностями. Однако тщательно прочесывать местность не обязательно: это скорее занятие для игроков, желающих заработать максимум очков на всех уровнях. Никаких игровых преимуществ сокровища не дают.
Wolfenstein 3D состоит из шести эпизодов по десять уровней в каждом. Сюжет игры – пример предельной простоты. В первом эпизоде шпион союзников Би Джей Бласковиц должен сбежать из нацистской крепости. Игрок с боем вырывается из тюрьмы и в конце эпизода сталкивается с боссом, Гансом Гроссе. Во втором эпизоде Бласковиц возвращается, чтобы предотвратить угрозу применения биологического оружия, и сталкивается с зомби, в груди которых вживлены пулеметы. В конце игроку нужно сразиться с доктором Шаббсом: боссом, который использует шприцы в качестве оружия. В конце заключительного эпизода, который разворачивается в бункере под Рейхстагом, Бласковиц сталкивается с Адольфом Гитлером, защищенным экзоскелетом. Вторая серия из трех эпизодов рассказывает про еще одну химическую войну, практически неотличимую от первой. Будем честны: игроку, ждущему насыщенного сюжета от Wolfenstein 3D, будет интереснее читать предупреждения с пачек сигарет. Сюжетно в игре практически ничего не происходит, за исключением простейших действий вроде завязки и создания предыстории: убейте как можно больше нацистов, бегая по одинаковым коридорам и собирая на пути сокровища (если вам это интересно).
В Wolfenstein 3D в распоряжении игрока есть четыре вида оружия: нож, пистолет, автомат и пулемет. Присутствует счетчик здоровья, которое можно восстанавливать, собирая аптечки или воруя обед у нацистов и корм у немецких овчарок. В игре встречается небольшое количество декораций – столы, приспособления для пыток или зеленые бочки (которые пока не умеют взрываться: эта возможность появилась только в DOOM). Секретные зоны на уровнях редко как-то выделяются, поэтому на каждую комнату, скрывающуюся за портретом Гитлера, приходится по две, открывающихся тычком в самую обычную стену. Отсутствие динамического освещения и простота набора текстур означают, что перемещение по уровню часто оказывается результатом проб и ошибок. Так что понять, какие места вы уже посетили, а какие нет, вы сможете только по горам трупов. Не стоит увлекаться критикой простоты Wolfenstein 3D и отсутствия в ней указателей, но на примере технологических достижений DOOM мы можем видеть, как такие приемы резко вошли в моду.
Wolfenstein 3D получила одобрение критиков и коммерческий успех. Она выиграла призы в номинациях «Выбор пользователей» и «Лучшее развлекательное программное обеспечение» на конкурсе Shareware Industry Awards в 1993 году и получила премии «Лучшая аркадная игра» от Compute! «Самая инновационная игра» и «Лучшая экшен-игра» от Computer Entertainment, приз читательских симпатий «Лучшая