У наш час інститут пристосувався до нових умов, не провівши жодних реальних реформ. Роберт ван Ворен, генеральний секретар міжнародної організації «Глобальна ініціатива в психіатрії», писав, що сфера судової психіатрії в країнах колишнього Радянського Союзу залишається закритою і впливовою, зберігається диктат московської психіатричної школи: судово-психіатрична практика активно контролюється Центром ім. Сербського, і навіть в країнах Балтії і раніше дотримуються приписи цієї установи, а частину професійної підготовки покладено на його співробітників.9
Згідно з Федеральним законом «Про державну судово-експертної діяльності в Російській Федерації», в недержавних російських установах не може проводитися судово-психіатрична експертиза, а це фактично означає заборону експертної діяльності будь-яких незалежних від держави психіатрів. Як зазначає міжнародна правозахисна група «Агора» у доповіді «Політична психіатрія в Росії», фактично за Центром імені Сербського залишається останнє слово у всіх пов'язаних з психіатрією питаннях; всупереч положенням Кримінально-процесуального кодексу, згідно з яким ніякі докази не мають заздалегідь встановленої сили, висновок Центру ім. Сербського практично неможливо оскаржити.10
Юрій Савенко, голова Незалежної психіатричної асоціації Росії, зазначав: «Практично нічого не змінилося. Вони в інституті не відчувають докорів сумління з приводу своєї ролі при комуністах. Це ті ж самі люди, і вони не хочуть вибачатися за всі свої дії в минулому». «Система все та ж, менталітет той же», – стверджував Олександр Подрабінек. На думку адвоката Карена Нерсисяна, «інститут Сербського не є медичним закладом, це орган влади».
Багато судово-психіатричні експертизи, які проводилися фахівцями центру в пострадянський час, були призначені з метою визнати несамовитими високопоставлених посадових осіб у випадках вчинення ними зґвалтувань або вбивств, як то було в Чечні з Юрієм Будановим, який в кінцевому підсумку був визнаний осудним і засуджений після більш ніж трьох років судових розглядів; і, навпаки, осудними – очевидно хворих, але не угодних владі правопорушників.
Починаючи з 2000-х років було чимало випадків, коли люди, «незручні» для російської влади, містилися в психіатричних лікарнях.11 Деякі з цих людей проходили судово-психіатричну експертизу в Центрі імені Сербського і були визнані несамовитими. Наприклад,