В одной из своих воскресных проповедей 14 марта 1943 г. митрополит Сергий подчеркивал: «Борьба, предпринятая Германией против большевизма, вошла в решительную стадию. Ничего не может быть страшнее господства коммунизма. Если он победит, население многих стран будет обречено не человеческим страданиям и даже уничтожению. Чтобы предотвратить эту грозную опасность, необходимо напряжение и полное объединение всех имеющихся сил. Теперь не время спорить о том, как в будущем создастся наша национальная, социальная и культурная жизнь. Если горит дом, то не спорят о том, как после пожара удобнее разместиться в его комнатах, а немедленно приступают к тушению огня. Точно так же и мы стоим перед задачей победить любой ценой. Поэтому каждый из нас обязан следовать указаниям властей и приложить все свои силы в борьбе с большевизмом. Обратимся с молитвой ко Всемогущему, чтобы Он помог навсегда и всюду преодолеть это зло и прежде всего в сердцах людей».
Но даже на Архиерейском совещании в Риге 2З июля 1942 г., где митрополиту Сергию пришлось критиковать прокоммунистическую политическую позицию Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского), он все же сумел сохранить юрисдикционную принадлежность своей епархии к Московской Патриархии и отстоять свое право возносить за архиерейским богослужением имя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия. При этом, неизбежно осложняя свое политическое положение, митрополит Сергий (Воскресенский) продолжал убеждать германские власти в целесообразности поддерживать находившиеся на оккупированной территории епархии и приходы Московской Патриархии.
Одним из наиболее значительных и успешных епархиальных начинаний митрополита Сергия следует признать деятельность Псковской духовной миссии, возродившей менее чем за три года на территориях Ленинградской, Новгородской, Псковской и Великолукской областей практически полностью уничтоженную коммунистами церковную жизнь. Напутствуя первую группу миссионеров, митрополит Сергий подчеркивал, что им предстоит осуществлять свое служение в стране, «где на протяжении более 20 лет религия самым безжалостным образом отравлялась и преследовалась, где народ был напуган, принижен, угнетен и обезличен. Придется не только налаживать церковную жизнь, но и пробуждать народ к новой жизни от долголетней спячки, объясняя и указывая ему преимущества и достоинства новой, открывающейся для нею жизни».
Начав свою деятельность