Харпаг, оставленный в Лидии, тем временем занимался проблемой греческих городов, что как кость в горле застряли в теле новой увеличившейся в размерах империи. Он начал возводить высокие насыпи у обнесённых стенами прибрежных твердынь, а затем штурмом брать их один за другим.
Жители Фокеи, крупнейшего после греческого города Милета не захотели подчиниться персам и на кораблях экстренно эвакуировались. Примеру фокейцев последовали и жители города Теос. Остальные пытались оказать сопротивление, но потерпели поражение, покорились и согласились на ежегодную дань.
После усмирения Харпагом материковых ионян, островные, устрашившись такой же участи добровольно подчинились, прислав послов с подношениями.
Покорив Ионию, Харпаг двинулся на карийцев, кавниев и ликийцев, взяв с собой ионян и эолийцев в качестве уже наёмных воинов. Население Карии без боя покорилось персам. Правда, жители Книда, расположенного на полуострове попытались прокопать узкий перешеек, отделяющий их от материка, с целью сделать свою землю островом, но, наткнувшись на твёрдый гранит прекратили работы и сдались без боя.
Лишь одно из племён карийцев – педасийцы, некоторое время оказывало сопротивление. Они укрепились на горе под названием Лида и доставили Харпагу немало хлопот, но и они покорились. Лишь ликийцы и кавнии10 оказали отчаянное сопротивление в открытом бою.
Ликийцев оттеснили в город Ксанф, где те самостоятельно предали акрополь огню, заранее собрав туда своих жён, детей, рабов, а сами погибли в самоубийственном бою. Таким же упорным оказалось сопротивление кавниев. Но, естественно, они не могли остановить продвижение большого и хорошо вооружённого войска.
Теперь вся Малая Азия попала под власть Куруша. За свою преданность Харпаг получил Лидию в наследственное управление, став царём и полноправным правителем, зачинателем новой правящей династии.
Лидиец Пактий, которому Куруш ещё после захвата столицы Лидии поручил хранить сокровища Креза неожиданно восстал против персов. С помощью золота навербовал наёмников и убедил жителей греческих городов присоединиться к восстанию. После чего двинулся на Сарды и осадил акрополь, где укрылся наместник Харпага перс Табал. Против восставших марш-броском выступил Мазар, к тому времени переставший возглавлять личную охрану царя царей и став полевым полководцем в войске Харпага.
Узнав о приближении персидского войска, Пактий трусливо бежал сначала в приморский город Киму, потом в Митилену на остров Лесбос и, наконец, на остров Хиос, где его поймали и выдали местные жители персам в обмен на небольшой участок земли на материке.
Вообще выходка этого лидийца долгое время не укладывалась в голове у Куруша. Он абсолютно не понимал, на что тот рассчитывал и чего добивался. Цели этого мятежа для царя великой империи выглядели непонятными, хотя он посвятил их анализу много времени,