Большое гонение на христиан предпринял император Деций (248–251 гг.); подробнее об этом гонении будет рассказано в 3-й части в связи с эфесскими мучениками. В 250 г. в Пергии пострадали 3 февраля мученики Папий, Диодор и Клавдиан от памфилийского правителя Павлина, а 28 февраля повелением игемона Публия был распят епископ Нестор Магидийский, ранее арестованный правителем Иринархом.
В том же III веке 1 марта неизвестно какого года пострадали мученики Нестор и Тривим, про которых писано, что «им же по жестоких за Христа муках ножами отрезаша главы». Наконец, при жесточайшем гонении Диоклетиана (284–305 гг.) 1 августа игемон Флавиан казнил Леонтия, Аттия, Александра, Киндея, Минсифея, Кириака, Минеона, Катуна и Евклея. Все они были простые люди («Минеон древодель бяше, а прочии земледельцы»), единодушно замыслившие разорить храм Артемиды, что и сделали, за что им и отрубили головы.
Прошло совсем немного времени, и христианство было объявлено государственной религией Римской империи. Пергийский храм Артемиды был освящен во имя Божией Матери, а храм Аполлона – во имя Господа Иисуса Христа. Пергийский епископ Леонтий заверил своей подписью акты Второго Вселенского собора. Несравненный историк Юстинианова царствования Прокопий Кесарийский написал в своем трактате «О постройках», что Юстиниан (483–565 гг., правил с 527 г.) выстроил «…дом для нищих имени св. Михаила в торговом местечке по прозванию “Эмпорий” (пристань) города Перги в Памфилии». V–VI веками датируются и руины двух огромных христианских базилик: первая, длиной 75 м, располагалась у поздних римских ворот, вторая, имевшая размеры 50 на 70 м – на краю главной улицы (с колоннами). Затем, к VII веку, Пергия приходит в упадок из-за арабских набегов и потому, что заиленная река Кестрос отрезала город от возможностей морской торговли. Жители покинули древний город, погрузившийся в дрему веков, из которой его начали пробуждать лишь в 1946 г. турецкие археологи Ариф Мюсит Мансел и Джеил Инан. Большая часть Пергии еще не раскопана; найденные же за это время статуи и прочие ценные находки переданы на хранение в анталийский музей, поэтому подлинная тень древнего города может явиться мысленному взору, только если удастся