Лето 1890 года проводит на родине у тетки и публикует небольшую статью «Птицы долины р. Орчика и окололежащей степи» (1892), а по возвращении деятельно коллектирует до весны 1891 года в окрестностях Оренбурга. 27 апреля, по словам Зарудного, случился «погром», в результате которого, по-видимому, значительная часть оренбургской коллекции погибла.
Извлечение из решения Физико-математического отделения Императорской академии наук: «В качестве Председателя Комиссии по присуждению премии имени академика Брандта имею честь довести до сведения Отделения <…>, что Комиссия, основываясь на параграфе 18 правил, дающим членам Комиссии право включать в конкурс сочинения, не представленные на соискание самими авторами, выслушала составленный адъюнктом Плеске отзыв о сочинении преподавателя 2-го Оренбургского Кадетского корпуса Н. А. Зарудного «Орнитологическая фауна Оренбургского края», появившаяся в 1888 году в виде приложения к LVII тому записок Академии. По мнению г. Плеске, как названное сочинение г. Зарудного, так, в особенности, его деятельность по изучению фауны позвоночных Закаспийской области, составляют наиболее выдающееся явление в области исследования фауны России в течение последнего пятилетия и являются продуктом счастливого сочетания блестящих способностей г. Зарудного с удивительною энергию. Благодаря этим качествам г. Зарудному удалось побороть препятствия, вытекавшие из недостатка средств и пособий, необходимых при производстве фаунистических исследований и добиться блестящих результатов, выражающихся в обогащении нашей орнитологической литературы выдающимся трудом. Своею же деятельностью по изучению фауны позвоночных животных вновь присоединенной к России Закаспийской области, Н. А. Зарудный заслужил, по мнению референта, особую признательность Академии, так как он, по собственному почину, явился успешным деянием на поприще исследований вновь приобретенной Россией окраины, т. е. на поприще, которому Академия, как известно, посвятила не мало сил и средств. Соглашаясь с изложенным в пространном отзыве, мнением г. Плеске о заслугах Н. А. Зарудного, Комиссия постановила единогласно: присудить г. Зарудному премию имени академика Брандта за изданную им «Орнитологическую фауну Оренбургского края».
Зима 1891/1892 года была важным этапом в личной жизни Зарудного: он уезжает из Оренбурга, «спасаясь от предстоящего ему брака с одной из местных девиц».
Не исключено, что и «погром» мог быть результатом этой размолвки. Не просто понять характер «отважной» дамы, ведь женихом он был незавидным: на стенах его трехкомнатной казенной квартиры на краю города висели гнезда ос, расправленные бабочки и жуки, на полу комнаты лежал череп верблюда, а в углу – человеческий. В соседней комнате он держал разнообразных птиц, часто приносил домой подранков и выхаживал их, в другой комнате некоторое время жили ручной корсак, филин,