Первым местом служения стал Свято-Троицкий монастырь в Риге, затем вильнюсский Свято-Духов монастырь. С 1943 по 1958 год отец Николай был настоятелем храма Святителя Николая в селе Гегобросты Паневежского благочиния Литовской ССР. Хотя старец и не принимал монашества, он всегда вел строгую, подвижническую жизнь.
Игуменья Пюхтицкого монастыря матушка Варвара вспоминала: «Отец Николай был целибат. У нас в Вильнюсе его все знали и поминали в записочках как священноинока Николая. Я у матушки игуменьи Нины (Баташевой, в схиме – Варвары) спрашивала об этом, и вот что она мне рассказала. Отец Николай говорил, что, если будет угодно Господу, он примет постриг в монашество. У матушки Нины даже хранилась одежда, которую сестры сшили для пострига отца Николая. Но в войну, когда женский монастырь сильно бомбили, у матушки игуменьи все сгорело, в том числе и эта одежда. Отец Николай рассудил, что на его монашество нет Божией воли, и пострига не принимал».
Протоиерей Иоанн Миронов, которого связывала со старцем Николаем полувековая духовная дружба, рассказывал: «Любовью и простотой своей спас батюшка от закрытия Никольский храм. Пришли к нему из НКВД решительно настроенные люди и говорят: “Поступили сведения, что вы против колхозов выступаете, паству против советской власти агитируете”. Здесь нужно упомянуть, что отец Николай всегда любил все живое. У него на кухне свила гнездо ласточка, и он ее оберегал. Так вот, показал отец Николай на ласточку и отвечает: “Как я могу препятствовать такому серьезному делу, когда даже малую пташку не могу тронуть. Ваше дело – государственное, мое – духовное”. И такое эти простые слова возымели действие, что ушли они успокоенные и храм не тронули».
В 1958 году отец Николай был переведен на служение в Псковскую епархию. Мамочка его – Екатерина Степановна, с которой вместе он прожил всю свою жизнь, – соскучилась по родным псковским местам и стала проситься на родину.
В день Покрова Пресвятой Богородицы, 14 октября 1958 года, отец Николай служил первый раз литургию в храме, с которым будет связано более сорока лет его жизни, – храме Святителя Николая на острове Залита.
Более сорока лет службы в одном храме! Старец и вообще не одобрял смены жизненных обстоятельств без особой необходимости.
Он во всем учил полагаться на волю Божию: «Будет, как должно быть».
После переезда отца Николая на остров Залита ему пришлось немало потрудиться физически. Господь даровал ему золотые руки, и он все делал сам – и крышу на храме железом покрывал, и стены красил, и полы ремонтировал, и обновлял убранство храма. Конечно, у него были и помощники (в первую очередь – мама), но очень многое он все равно любил делать самостоятельно.
Игуменья Пюхтицкого