Более 1000 привезённых депутатских наказов требовалось в ходе работы Комиссии разобрать и привести в систему всё их содержание. Вся подготовительная работа была не доступна общему собранию, которому до её выполнения нечего было делать, но этих работ не думали исполнять предварительно и ожидали их от общего собрания. Разногласия в желаниях сословий, несовершенство внешней организации, неумелая постановка задач, смешение подготовительных работ с прямой обязанностью Комиссии стали препятствием в работе.
Прочтя Наказ90 Екатерины, Комиссия приступила к чтению наказов депутатских и прослушала несколько крестьянских наказов. Не дождавшись окончания чтения наказов, маршал Бибиков предложил перейти к чтению законов о дворянстве, затем о купечестве. Не закончив чтение, через 60 заседаний, Комиссия занялась вопросом о правах остзейских дворян, не завершив и этого дела. 14 декабря 1767 года в Москве состоялось последнее заседание комиссии депутатов. Маршал Александр Ильич Бибиков объявил депутатам высочайшую волю о продолжении работы комиссии в Петербурге с 18 февраля следующего года. В начале 1768 года двор с Комиссией возвратились в Петербург.
Во время пребывания двора в Москве в силу политических соображений был решён важный для цесаревича вопрос, правда не в его пользу, относительно его Голштинского наследства. Императрица Екатерина именем несовершеннолетнего сына отказалась от прав на Шлезвиг, и уступила Дании герцогство Голштинское в обмен, на графства Ольденбургское и Дельменгорсткое, предназначенное младшей линии Голштейн-Горттрпского дома. Шильдер обратил внимание на то, что за Великим князем и его наследниками должен был остаться титул герцога Шлезвиг-Голштейн-Готторпского. Екатерина подписала предварительный договор с Данией, который должен был вступить в окончательную силу по достижению Павлом Петровичем совершеннолетия в апреле 1767 года в Копенгагене и утвердила его в Москве в сентябре 1767 года. История с Голштинским наследством была закончена трактатом 21 мая 1773 года. В результате Павла не только лишили надежды вступить на родительский престол при жизни матери, но, и даже отцовского наследства.
Разразившаяся эпидемия оспы не щадила и высшее петербургское общество. В мае 1768 года умерла от оспы невеста графа Панина38, графиня А. П. Шереметева94. На время