В глубине Хейхала находилась Святая святых (Двир), отделённая от него каменной стеной, обшитой кедром, в которой была кипарисовая дверь, с косяками из оливкового дерева, закрытая дорогой завесой – парохетом.
Святая святых была кубической формы (20х20х20 локтей). Она была на десять локтей ниже, чем Хейхал из-за более высокого пола и более низкого потолка, над которым находилась вышка (как другая над Притвором), служившая для хранения священных предметов.
В Святая святых находился только Ковчег Завета, в котором хранились Скрижали Завета. Ковчег был установлен на каменном пьедестале, высотою в три пальца от уровня пола. Этот камень назывался Эвен а-Штия – легендарный Камень Основания, который, по преданию, находится точно в центре Земли и является подножием Всевышнего. Длинной своей стороной Ковчег был поставлен от востока к западу, а его шесты упирались в противоположные стены. Два гигантских херувима из оливкового дерева, покрытые золотом, простирали по одному крылу над Ковчегом, касаясь стен другими. Херувимы были высотой десять локтей, а каждое их крыло было пяти локтей.
В Святая святых не было окон и она ничем не освещалась. Туда не входил никто, кроме первосвященника, который совершал там обряд воскурения раз в году, в День искупления (Йом Киппур) – самый важный из праздников, день поста, покаяния и отпущения грехов. Согласно Талмуду, в этот день Бог выносит свой вердикт, оценивая деятельность человека за весь прошедший год.
К зданию храма с трёх сторон (за исключением лицевой, восточной) примыкало трёхъярусное каменное строение, йациа, с множеством комнат, целаот. Оно представляло собой крытую галерею. Каждый её этаж делился приблизительно на тридцать комнат, которые использовались в качестве складских и для других подсобных целей. Вход в комнаты был с южной стороны, откуда вела витая лестница во все три яруса. В каждой комнате было по одному окну с решётками.
Фундамент, на котором стояло основание храма, был довольно высоким, так что его первый этаж был на уровне второго этажа галереи. Длина комнат нижнего этажа составляла пять локтей, среднего – 6 локтей, а третьего, верхнего, – семь локтей, что было следствием уменьшения толщины стен. В самом низу наружная толщина здания храма была шести локтей, на втором этаже эта толщина уменьшалась до пяти локтей, а на третьем этаже она уже доходила до трёх локтей. Сужение стены вверху оставляло больше площади для галереи, для которой внешняя стена храма служила внутренней стеной. Этажи галереи, таким образом, не сужались кверху, подобно пирамиде, а наоборот – расширялись.
Великолепное здание храма с самого начала сделало его центральным святилищем для всего Израиля, хотя наряду с ним продолжали существовать и местные святилища – бамот. Вошло в обычай восходить три раза в год в Иерусалимский храм, как раньше в Скинию, которая располагалась в Силоме (Шило). Однако, ухудшение политической ситуации