Одновременно на юге России произошло восстание сторонников царя Дмитрия под управлением гетмана Ивана Исаевича Болотникова. Этот вождь повстанцев был ранее холопом князя Андрея Андреевича Телятевского, в молодости попал в плен к татарам, ими был продан туркам, у которых содержался в качестве галерного раба. Затем он как-то освободился из неволи и попал в Венецию, потом в Польшу, где и познакомился с Михаилом Молчановым, который, рассказав ему обо всем случившемся с народным царем Дмитрием и о его втором чудесном спасении, отправил с письмом в Путивль к князю Григорию Петровичу Шаховскому, остававшемуся в оппозиции к царю Василию. Этот князь еще во время убийства царя Дмитрия в Кремле унес из дворца государственную печать, предполагая, что она ему будет полезна при организации восстания. Еще до появления слухов из Литвы о втором спасении царя Дмитрия князь Шаховской появился в Путивле, где объявил жителям, что царь Дмитрий жив, но пока скрывается от врагов. Путивль восстал, за ним восстали и другие северские города. Прибывшему в Путивль Ивану Болотникову князь Шаховской доверил небольшой отряд, который вскоре значительно увеличился за счет притока добровольцев из беглых крестьян, казаков, а также жителей и стрельцов украинных городов.
Когда царь Василий послал князей Ивана Михайловича Воротынского и Юрия Никитича Трубецкого осадить города Елец и Кромы, то Болотников со своими полутора тысячами вооруженных людей напал на пятитысячное войско князя Трубецкого, и московское войско не выдержало этого неожиданного удара извне, частично было уничтожено, а большая часть его разбежалась, не желая погибать за царя Василия. Эта победа послужила толчком к распространению восстания по всему югу России: сотник Истома Пашков поднял восстание в городах Туле, Веневе и Кашире, а воевода Григорий Сунбулов и дворянин Прокофий Ляпунов подняли против царя Василия Рязанское княжество. Восстал народ в Брянском, Калужском и Смоленском княжествах, где на сторону Болотникова перешло около 20 небольших городов, неспокойно стало и на Волге, где восстали мордвины.
Иван Болотников, объединив свое войско с другими повстанцами, перешел Оку и вскоре разбил свой лагерь в селе Коломенском под самой Москвой. Царя поддержали только жители Твери и Смоленска, поэтому Москве нужна была ощутимая победа над повстанцами, и ее добился царский воевода