Флавий возлагает главную вину за захват римлянами Иудеи на Гиркана и Аристобула, на распри внутри хасмонейской династии. Он пишет следующее: «Виновниками этого бедствия, постигшего Иерусалим, являлись Гиркан и Аристобул, ссорившиеся между собою. Теперь мы утратили свою свободу и стали подвластны римлянам, теперь нам пришлось поневоле отдать сирийцам области, которые мы вернули себе силою нашего оружия; кроме того, римляне в короткое время получили с нас более десяти тысяч талантов, а царская власть, которая прежде предоставлялась в виде почета родовитым первосвященникам, теперь стала уделом мужей из простонародья» (Иуд. древн., XIV, 4, 5).
Подчинение Иудеи Риму не положило конец антиримскому сопротивлению и борьбе за власть внутри хасмонейской династии. Как и расчитывал Помпей, Гиркан (вошел в историю как Гиркан II) оказался слабым и зависимым от Рима правителем. Однако, не имея достаточной поддержки внутри страны, он не мог ее эффективно контролировать и, чтобы удержаться у власти, постоянно прибегал к военной помощи римлян. На беду Гиркану, его племяннику, старшему сыну Аристобула II Александру удалось бежать из плена, когда семью царя везли в Рим. Вернувшись тайком в Иудею, он собрал приверженцев своего отца и возглавил в стране антиримское восстание. В 57 г. до н. э. Александру удалось овладеть почти всей Иудеей. Для помощи Гиркану II римляне послали большую армию во главе с Марком Антонием, будущим соратником Юлия Цезаря и триумвиратором. Только после тяжелых сражений с превосходящими силами римлян Александр был вынужден прекратить сопротивление, но, как показала жизнь, всего лишь на время.
Восстание Александра продемонстрировало, с одной стороны, потенциальную военную мощь Иудеи, а с другой – явную неспособность Гиркана II управлять такой страной. Чтобы ослабить Иудею еще больше, римляне решили децентрализовать ее, разделив на пять округов, а власть в каждом из них отдать иудейской аристократии. Гиркану был оставлен только пост первосвященника. Но и после этого сопротивление римлянам не прекратилось. В 56 г. до н. э. Аристобулу II и его младшему сыну Антигону удалось бежать из римского плена. Вернувшись в Иудею, они сразу стали собирать военные силы, чтобы изгнать римлян и сторонников Гиркана из страны. Но римляне опередили Аристобула, напав на него еще до того, как он успел набрать армию. Тяжело раненный в сражении Аристобул вместе со своим младшим сыном Антигоном снова попал в плен и был отослан в Рим, где содержался в темнице.
Однако дело отца продолжил его старший сын Александр. Уже в следующем 55 г. до н. э., воспользовавшись тем, что главные силы римской армии находились в Египте и Месопотамии, он снова поднял восстание, разгромил римский гарнизон в Иудее и овладел всей страной, правда,