Идеология и практика тоталитарных режимов, их влияние на жизнь простых людей разных поколений всегда интересовали Т. Ю. Тимофееву, хотя диссертацию на соискание степени кандидата исторических наук она защитила в 1991 г. о социальной политике в период Германской революции 1918–1919 гг. В переломный для России исторический период Т. Ю. Тимофеева постаралась рассмотреть данную проблему под новым углом зрения, сосредоточив внимание на деятельности Ведомства по экономической демобилизации, в которой наиболее выпукло отразилась дилемма соотношения социальной реформы и революционного действия.
Инициировав первый коллективный спецкурс кафедры – «Авторитарные и тоталитарные режимы в ХХ веке» – Т. Ю. Тимофеева заинтересовалась новой для российской исторической науки 1990-х гг. проблематикой: изучением истории повседневной жизни людей в тоталитарных государствах. Она разработала спецкурс по общественному сознанию и повседневности Германии периода национал-социализма. Во время научной стажировки в Германии в 2000–2001 гг. она провела более 200 интервью со «свидетелями времени», жителями Берлина в 1930–1940 гг., работала в архивах с документами нацистской эпохи. Результатом стали монография ««Мы жили обычной жизнью?» Семья в Берлине в 30–40-е гг. ХХ в.»76 и серия статей, опубликованных в российских и немецких изданиях.
Став в 1989–1990 гг. свидетелем падения Берлинской стены и воссоединения Германии, Т. Ю. Тимофеева впоследствии не упускала из виду и этот период, в своих исследованиях обращая особое внимание на преломление исторических событий в судьбах и восприятии обычных людей, на их непосредственное влияние на ход истории. Ее исследовательское внимание привлекали поколенческие различия в отношении к перестройке, различные трактовки исторической памяти в российской и германской общественной науке. Вместе с профессором факультета иностранных языков и регионоведения МГУ В. В. Захаровым Т. Ю. Тимофеева инициировала и выполнила ряд международных исследовательских проектов, в частности, по истории урановой индустрии ГДР и советско-германского предприятия «Висмут». И в этом случае она смогла реализовать свои научные приоритеты, воссоздав картину повседневной жизни советских специалистов в Восточной Германии77. Т. Ю. Тимофеева является автором нескольких спецкурсов, соавтором учебных программ и пособия по истории Германии78,