С созданием в 1802 г. Министерства юстиции министр юстиции одновременно стал занимать должность Генерал-прокурора, а губернские прокуратуры стали входить в состав органов юстиции на местах. Деятельность органов прокуратуры была существенно трансформирована и усилена в период царствования Александра II. Так, 1862 г. Государственный совет Российской империи принял «Основные положения о прокуратуре», в которых определялось государственное назначение прокурорского надзора, его содержание, задачи и полномочия прокуроров. Назначение прокуратуры заключалось в «наблюдении за точным и единообразным исполнением законов в Российской Империи».
В качестве основных принципов организации и деятельности прокуратуры признавались: осуществление «верховного» надзора в империи Генерал-прокурором (одновременно являвшемся министром юстиции); единство и строжайшая централизация органов прокурорского надзора; строгая подчиненность нижестоящих прокуроров вышестоящим; осуществление прокурорами полномочий от имени всей системы прокуратуры; независимость прокуроров от местных влияний при принятии ими любого решения; несменяемость прокуроров. Генерал-прокурор и губернские прокуроры назначались (пожизненно) и освобождались рескриптом императора.
Другие нижестоящие прокуроры назначались на должность и освобождались от нее решением Генерал-прокурора Российской империи. С принятием Судебных уставов 1864 г. прокуратура из органа надзорного типа трансформирована в основном в орган уголовного преследования. По Уставу уголовного судопроизводства прокуроры могли присутствовать при всех следственных действиях, давать указания следователю, требовать дополнительного расследования.
По окончании предварительного следствия прокурор давал заключение о придании обвиняемого суду, излагая его в форме обвинительного акта. Следует в то же время иметь в виду, что закон подчинял прокурору полицейское дознание, возлагал на него обязанность вести наблюдение за производством предварительного следствия, в котором сочеталось как руководство следствием, так и надзор за законностью его решений. Хотя прокуроры и состояли при судах, но были им не подконтрольны – при рассмотрении судами уголовных дел выступали полноправными участниками