Цари из династии Романовых похоронены у юго-восточного столба – Михаил Федорович и Алексей Михайлович и у северо-восточного – Федор и Иван Алексеевичи.
Несколько надгробий не видны, ибо они находятся за иконостасом: с южной стороны – Ивана Грозного и его сыновей, убитого им Ивана и Федора, а в приделе Иоанна Предтечи (с южной стороны собора) – молодого талантливого полководца князя Михаила Скопина-Шуйского. В 1963 г. в связи со строительными работами стало возможным вскрыть гробницы с южной стороны. Комиссия специалистов произвела антропологические и химико-токсикологические исследования в связи со слухами о возможном отравлении Ивана Грозного. Были сняты металлические кожухи, под которыми находились кирпичные надгробия, и тогда обнажились вырубленные из известняка полукруглые в изголовье и расширяющиеся книзу саркофаги, закрытые крышками с надписями вязью. Царя Ивана похоронили в монашеской одежде, которую надели уже после смерти, а останки его сыновей и князя Скопина – в шелковых покрывалах, уже почти истлевших. Скелет царя Ивана хорошо сохранился, на костях находились большие отложения солей. У изголовья стоял чудесный голубой кубок из венецианского стекла. Споры вызвало положение правой руки царя Ивана, поднятой к голове, в то время как обе руки должны были быть скрещены на груди. Высказывались различные предположения, но остановились на том, что кости сместились из-за наклона саркофага. Скелет царевича Ивана почти не сохранился из-за неплотного примыкания крышки к гробу и проникновения воды, поэтому ни