Воспитанник университетского Благородного пансиона кануна Отечественной войны 1812 г. поэт М. А. Дмитриев в полной скорбной печали элегии «Проданный дом» (1843), посвященной реальному факту продажи здания пансиона, вспоминая годы учебы в нем, писал:
В те дни, когда добро и знанья
Ценились выше серебра,
Здесь было место воспитанья,
Был дом науки и добра!
И все мы, сверстники младые,
Мы спели к будущему там,
И эти стены, нам святые,
Второй отчизной были нам.
Отсюда вышли поколенья,
Отцы и дети! – Все мы в нем
Млеком питались просвещенья
И твердым истины плодом…
Педагогическое кредо Прокопович-Антонского – воспитание души, способной к доброму и прекрасному. Его отличало редкостное умение соединять «строгость власти с добродушием и правдой». Ненавязчиво, но твердо он добивался от воспитанников Благородного пансиона, среди которых встречалось и немало избалованных семейным воспитанием детей и подростков, «спокойного выполнения долга». «Малейшее доброе слово Антонского, малейший знак его благоволения, – вспоминал много лет спустя один из воспитанников пансиона М. А. Дмитриев, – были для нас великою наградою и знаком хорошего признания в его мнении». В своих педагогических трактатах «О начале и успехах наук и в особенности естественной истории» (1791), «О воспитании» (1798) и других Прокопович-Антонский рассматривал воспитание как важнейшее средство совершенствования человека, его умственного и физического развития. Назначение воспитания он видел в подготовке для общества полезных членов. Большое значение педагог придавал развитию творческой индивидуальности своих воспитанников, помогая каждому из них раскрыть и осознать суть своей натуры, обрести силу Личности.
Возглавляя одновременно с работой в Благородном пансионе кафедру натуральной истории Московского университета, Прокопович-Антонский стремился активно приобщать воспитанников пансиона к современным научным знаниям, превратить все учебные предметы, в том числе математику и естествознание, которые преподавал сам, в средство формирования просвещенных и нравственных людей. Он учил пансионеров самостоятельно мыслить, наблюдать, сравнивать,