Вся остальная жизнь о. Иоанна и его пастырская деятельность протекала в Кронштадте, отчего многие забывали даже его фамилию «Сергиев» и называли его «Кронштадтский», да и сам он нередко так подписывался. «Надо любить всякого человека и в грехе его и в позоре его, – говорил о. Иоанн. – Не нужно смешивать человека – этот образ Божий – со злом, которое в нем»… С таким сознанием он и шел к людям, всех побеждая и возрождая силою своей истинно пастырской любви.
Скоро открылся в отце Иоанне и дивный дар чудотворения. Сохранилась точная запись рассказа самого отца Иоанна о первом его чуде своим сопастырям-священникам. «Кто-то в Кронштадте заболел, – так рассказывал он об этом. – Просили моей молитвенной помощи. У меня и тогда уже была такая привычка: никому в просьбе не отказывать. Я стал молиться, предавая болящего в руки Божии, прося у Господа исполнения над болящим Его святой воли. Но неожиданно приходит ко мне одна старушка, которую я давно знал. Она была богобоязненная, глубоко верующая женщина, проведшая свою жизнь по-христиански и в страхе Божием кончившая свое земное странствование. Приходит она ко мне и настойчиво требует от меня, чтобы я молился о болящем не иначе, как о его выздоровлении. Помню, тогда я почти испугался: как я могу, – думал я, – иметь такое дерзновение? Однако эта старушка твердо верила в силу моей молитвы и стояла на своем. Тогда я исповедал пред Господом свое ничтожество и свою греховность, увидел волю Божию во всем этом деле и стал просить для болящего исцеления. И Господь послал ему милость Свою – он выздоровел. Я же благодарил Господа за эту милость. В другой раз по моей молитве исцеление повторилось. Я тогда в этих двух случаях прямо уже усмотрел волю Божию, новое себе послушание от Бога – молиться за тех, кто будет этого просить»…
По молитве отца Иоанна действительно совершалось и теперь, по его блаженной кончине, продолжает совершаться множество дивных чудес. Излечивались молитвою и возложением рук отца Иоанна самые тяжкие болезни, когда медицина терялась в своей беспомощности. Исцеления совершались как наедине, так и при большом стечении народа, а весьма часто и заочно. Достаточно было иногда написать письмо или послать телеграмму, чтобы чудо исцеления совершилось.
Примечательно происшедшее на глазах у всех чудо в селе Кончанском (Суворовском), описанное случайно находившейся тогда там суворовской комиссией профессоров военной академии (в 1901 году). Женщина, много лет страдавшая беснованием и приведенная к о. Иоанну в бесчувственном состоянии, через несколько мгновений была им совершенно исцелена и приведена в нормальное состояние вполне здорового человека.
Одним из свидетелей описано чудесное пролитие дождя в местности, страдавшей засухой и угрожаемой лесным пожаром, после того как отец Иоанн вознес там свою молитву. Он исцелял силою своей молитвы не только православных людей, но и мусульман, и евреев, и обращавшихся к нему из-за границы иностранцев.