`
Работа на государственной службе
В 1997 году Маркин исполнял обязанности директора по связям с общественностью международного фонда «Реформа», который занимался вопросами экономических и социальных реформ и приватизации в России. Затем он был назначен на должность первого заместителя министра по делам печати и информации Московской области. На этом посту выступал против объединения подмосковных телеканалов в медиа-холдинг на основе канала «Московия», который так и не был создан. В 2004 году Маркин стал директором по связям с общественностью Фонда интеллектуальных технологий, который занимался вопросами сотрудничества между органами власти и научными организациями, общественными институтами и промышленными предприятиями.
`
Следственный комитет
В сентябре 2007 года был создан Следственный комитет при прокуратуре Российской Федерации (СКП России), а Маркин был назначен на пост руководителя управления взаимодействия со средствами массовой информации. Маркин заявил, что СКП России должен стать «открытой структурой» и «более плотно» работать со средствами массовой информации.
20 июня 2011 года Указом Президента Российской Федерации назначен руководителем управления взаимодействия со средствами массовой информации Следственного комитета.
Владимир Маркин неоднократно озвучивал заявления Следственного комитета по уголовным делам, причисляемым рядом независимых источников к «политическим».
8 декабря 2012 года Маркин в комментарии на сайте Следственного комитета выразил неудовольствие по поводу замечаний премьер-министра Дмитрия Медведева в адрес следователей, проводивших обыск у режиссёра документального фильма «Срок» Павла Костомарова: «Очень странно было услышать комментарии, не только оскорбляющие следователей СК России, но