В Думе 3-го созыва (2000–03, по Преображенскому одномандатному избирательному округу № 199, Москва; был выдвинут кандидатом в депутаты избирательным блоком «Отечество – Вся Россия», одновременно баллотировался по федеральному списку того же блока) – председатель Комитета по бюджету и налогам, член Комиссии по государственному долгу и зарубежным активам России, сопредседатель Комиссии по рассмотрению расходов федерального бюджета, направленных на обеспечение обороны и государственной безопасности РФ. Входил в состав депутатской группы «Регионы России». С нояб. 2001 член Коллегии Министерства РФ по налогам и сборам. В 2001 вступил в партию «Единая Россия» и 1.12.2001 избран членом ее Центрального политсовета.
В Думе 4-го созыва (дек. 2003 – март 2004; по Преображенскому одномандатному избирательному округу № 199, Москва; выдвинут «Единой Россией») – 1-й заместитель председателя Государственной думы (с 29.12.2003). Член фракции «Единая Россия» (подгруппа О. Морозова). Являлся координатором фракции «Единая Россия» по взаимодействию с Правительством РФ. В 1998–2003 также занимал посты члена Наблюдательного совета Сбербанка (1998–2003), члена Совета директоров ГК «Агентство по реструктуризации кредитных организаций» – АРКО (1999–2003), члена Экономического совета при Правительстве РФ (1999–2003), члена Национального банковского совета Центрального банка РФ (1999–2003).
9.3.2004 назначен заместителем председателя Правительства РФ (до нояб. 2005 был единственным заместителем главы правительства). По должности также занимает посты председателя Комиссии Правительства РФ по законопроектной деятельности (с апр. 2004), Комиссии по вопросам международной гуманитарной и технической помощи при Правительстве РФ (с апр. 2004), координатора Российской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений (с мая 2004), председателя Комиссии по вопросам международной гуманитарной и технической помощи при Правительстве РФ (с июля 2004). Возглавляет Правительственную комиссию по повышению результативности бюджетных расходов. В июле 2004 избран председателем Совета директоров ОАО «Российские железные дороги» (вновь переизбран в авг. 2005 и авг. 2008). В сент. 2004 сменил Д. Козака на посту руководителя Правительственной комиссии по проведению административной реформы. В нояб. 2004 на V съезде Всероссийской политической партии «Единая Россия» избран в Высший совет партии. С марта 2005 заместитель председателя Правительственной комиссии по бюджетным