При проведении мобилизации, начавшейся 26 августа 1939 года, Генштаб также был переведен на штаты военного времени. Гальдер возглавил Главную квартиру Верховного командования сухопутных войск, которая разместилась в комплексе зданий в Цоссене. Сам же Гальдер, вместе с небольшой группой генштабистов, практически постоянно находился при Гитлере, ежедневно делая доклады о положении на фронте.
Во время Польской кампании Гальдер и Браухич еще находились в плену иллюзий, считая, что они – военные профессионалы – смогут единолично осуществлять руководство армией и военными операциями. Но уже к концу кампании стало ясно, что Гитлер совсем не собирается идти на поводу у генералов, а как раз наоборот – будет постоянно диктовать им свою волю и требовать беспрекословного исполнения его решений. Правда, в ходе победоносной кампании это было не очень заметно: успех окрылил военных, которые не без оснований могли гордиться своими действиями.
Гитлер высоко оценил заслуги Генерального штаба и его начальника на поприще подготовки мировой войны. Не принимавший непосредственного участия в военных действиях генерал артиллерии Франц Гальдер был 27 октября 1939 года награжден высшей на тот момент воинской наградой Германии – Рыцарским крестом Железного креста.
После окончания Польской кампании в отношениях между Гитлером и генералами в очередной раз наступил кризис. Фюрер приказал готовиться к немедленному броску на Францию. Браухич и Гальдер выступили категорически против этого, доказывая, что запасов вооружения и боеприпасов хватит лишь на несколько дней боев. Генштаб высказывал точку зрения, что в нынешней ситуации на Западе необходимо установить жесткую оборону, а к активным операциям перейти лишь весной 1942 года. Состоявшаяся 30 сентября попытка Браухича – Гальдера переубедить Гитлера успеха не принесла, и тот 9 октября 1939 года подписал директиву, в соответствии с которой наступление на Западе должно было начаться уже 12 ноября. Однако теперь к делу подключились командующие группами армий, и Гитлеру пришлось отказаться от своих планов покончить с Францией в текущем году – заслуга Гальдера в этом была не слишком большой, скорее решающую роль сыграло мнение генерала Вальтера фон Рейхенау, которому Гитлер доверял, не без оснований считая его преданным делу национал-социализма.
В начале октября 1939 года Франц Гальдер еще больше усилил свои позиции в Верховном командовании сухопутных войск (ОКХ). Он воспользовался мягкотелостью Вальтера фон Браухича, показав себя прекрасным