С 17 октября 1919 г. командир 628-го стрелкового полка 2-й Петроградской СБР особого назначения, участник боёв с армией Юденича под Гатчиной. С 23 ноября 1919 г. командир 493-го (бывший 628-й) стрелкового полка 55-й стрелковой дивизии Карельского фронта. С 14 мая 1920 г. в резерве чинов штаба 7-й армии. С 25 мая 1920 г. командир 112-го стрелкового полка 13-й стрелковой дивизии Южного фронта. 23 октября 1920 г. полк переведён в 15-ю Инзенскую стрелковою дивизию. С 26 октября 1920 г. командир 129-го Курского стрелкового полка 15-й Инзенской стрелковой дивизии. С 8 января 1921 г. по 15 апреля 1921 г. курсант повторных курсов комсостава ХВО. С 21 мая 1921 г. заведующий строевым обучением 60-х пехотных курсов г. Бердянск. С 24 октября 1921 г. врид помощника начальника курсов по учебно-строевой части. С 28 января 1922 г. помощник начальника курсов по учебно-строевой части. С 10 июня 1922 г. в распоряжении командира 16-й стрелковой дивизии Петроградского ВО. 15 июня 1922 г. командир 2-го батальона 46-го стрелкового полка 16-й стрелковой дивизии. С 15 сентября 1922 г. врид завхоза 46-го стрелкового полка 16-й стрелковой дивизии. С 24 октября 1922 г. помощник командира 46-го стрелкового полка 16-й стрелковой дивизии. строевой части. С мая 1923 г. в отпуске для подготовки к поступлению в ВА РККА. С 1 марта1924 г. назначен для поручений при командире 20-й стрелковой дивизии ЛВО. С 1 мая 1924 г. выведен за штат. С17 мая 1924 г. начальник административно-хозяйственной части штаба 10-й стрелковой дивизии ЛВО. С15 октября 1924 г. и.д. помощника командира 29-го стрелкового полка по хозчасти. С 1 октября 1927 г. командир 2-го отдельного штрафного батальона ЛВО. С 3 октября 1928 г. командир 10-го отдельного пулемётного батальона. С 17 января 1929 г. командир 15-го местного отдельного стрелкового батальона ЛВО. В 1927 и 1928 гг. исключался из партии, восстановлен ЦКК ВКП(б). 05.11.1930 г. С 28 мая 1931 г. окончил курсы «Выстрел». С 31 мая 1931 г. командир 10-го стрелкового 4-й стрелковой дивизии БВО. С 25 ноября 1932 г. командир и военком Кронштадтского крепостного стрелкового полка. Пр. НКВМФ № 031 л/с от 29.01.1938 г. уволен по ст. 44 «в». Арестован 03.02.1938 г. 17.06.1939 г. ОСО при НКВД СССР по ст. 12-2 УК приговорён к 1 г. л/св , по др. сведениям 20.05.1939 г. постановлением ОО КБФ дело направлено на доследование. 13.02.1940 г. освобождён по амнистии (постановление ГП ВМФ от 11.02.1940). С 19 марта 1940 г. в распоряжение УНС РКВМФ (с 13.02.1940). С 27 мая 1940 г. командир 1-й Особой бригады морской пехоты КБФ. С 8 августа 1940 г. старший инспектор УНС ВМФ. назначен ст. инспектором УНС ВМФ. В июне 1940 г. зачислен в распоряжение Управления по начсоставу ВМФ и назначен инспектором в Главное управление Наркомата ВМФ по сухопутным и береговым частям. С декабря 1940 по февраль 1941 г. исполнял обязанности начальника строевого отделения курсов подготовки начсостава запаса ВМФ, затем вернулся на прежнюю должность. С началом Великой Отечественной войны полковник В. К. Зайончковский в июле 1941 г. был назначен командиром 1-й отдельной курсантской бригады военно-морских учебных заведений. После ее расформирования в сентябре переводится командиром 5-й отдельной бригады морской пехоты КБФ. В апреле 1942 г. командовал особой группой по захвату островов в Финском заливе. В том же месяце при налете авиации противника он был тяжело ранен и эвакуирован в госпиталь в Ленинград. После выздоровления в октябре назначен командиром
