А Преподобный с любовью принимал их, и сам помогал строить им кельи, сам, своими руками, ископал и святой колодец, который существует доныне. Было решено устроить церковь. Тогда Преподобный послал двух учеников своих к Митрополиту Алексию просить у него благословения на это. Митрополит дал свое благословение, и братия приступили к постройке. Начиная строительство, Преподобный Сергий сотворил такую молитву: «Господи Боже Сил, в давние времена обративший Израиля к вере многочисленными великими чудесами, изъявивший Свою волю законоположителю Моисею через многие разнообразные знамения и руном прообразовавший Гедеону победу! Ныне, Господи Вседержитель, услышь меня, грешного Своего раба, молящегося Тебе. Прими мою молитву и благослови это место, устроившееся по Твоему благоизволению во славу Твою, в похвалу и честь Пречистой Твоей Матери, честного Ее Благовещения, дабы здесь всегда прославлялось имя Твое, Отца и Сына и Святого Духа».
При помощи Божией постройка церкви пошла успешно; над строением новой обители трудились добровольно многие иноки и миряне: кто строил кельи и церковь, кто доставлял материал, нашлись благотворители из князей и бояр, которые присылали и денежные пожертвования на постройки. Число братии быстро увеличивалось. Преподобный и здесь ввел общежительный устав.
Так прошло несколько лет. Троицкий монастырь после ухода из него Преподобного Сергия остался без действительного игумена с фактическим игуменством в нем Стефана – брата Преподобного. Не известно, старался ли Стефан о том, чтобы стать и действительным игуменом, но братия монастыря большей частью решительно и усердно желали, чтобы возвратился к ним Преподобный Сергий. После нескольких напрасных обращений к Преподобному Сергию с просьбой вернуться, Троицкая братия решила обратиться к Митрополиту.
Придя к святителю Алексию, они просили его: «Святой владыко! Твое святое владычество знает о нашей разлуке с духовным отцом. Ныне мы живем как овцы без пастыря; иеромонахи, старцы и святая, Богом собранная, братия расходятся из монастыря, не вынося разлучения со своим отцом. Да и мы сами не можем дольше жить, если не будем иметь утешение – видеть святого. Если соизволишь, наш Богом данный наставник, то повели ему вернуться в свой монастырь, чтобы мы не изнемогли вконец от скорби о нем».
Святитель хорошо понимал, как нужен Сергий для обители Троицкой, но видел и то, как тяжело огорчили блаженную душу своевольные, жаль ему было и учеников, безутешно скорбящих в разлуке с наставником, но не хотел он действовать и на святого друга своего одною только властью архипастырской. Благословив Троицких иноков и сказав им слово утешения, Митрополит отпустил их в свою обитель и немедленно отправил почетное посольство к Преподобному