По выходе из затвора преподобный, помня о своем обещании, узнал о жизни Дивеевской общины от приходящих в Саров дивеевских сестер. Принимая сестер общины матери Александры, о. Серафим убедился, что полный Саровский устав, по которому жила община, был непосилен для большинства монахинь, и решил его облегчить. Но начальница Ксения Михайловна Кочеулова не согласилась менять устав, данный о. Пахомием более тридцати лет тому назад. Тогда преподобный Серафим решил отказаться от духовного руководства общиной, успокоенный, что заповеданное ему великой старицею матерью Александрою более не лежит на его совести. Временно о. Серафим не входил в дела общины, и только посылал сестер на жительство в Дивеево, говоря: «Гряди, чадо, в общинку, здесь, поблизости, матушки-то, полковницы Агафии Семеновны Мельгуновой; к великой рабе Божией и столпу, матушке Ксении Михайловне – она всему тебя научит!»
Но Пречистая Богородица явилась ему с апостолами Петром и Иоанном, и сказала: «Зачем ты хочешь оставить заповедь рабы Моей Агафии – монахини Александры? Ксению с сестрами ее оставь, а заповедь сей рабы Моей не только не оставляй, но и потщись вполне исполнить ее, ибо по воле Моей она дала тебе оную. А Я укажу тебе другое место, тоже в селе Дивееве, и на нем устрой эту обетованную Мною обитель Мою. А в память обетования, ей данного Мною, возьми с места кончины ее из общины Ксении восемь сестер».
Матерь Божия указала о. Серафиму место для новой общины, которая должна быть чисто девичьей. «Как я сам девственник, – говорил преподобный, – то Царица Небесная благословила, чтобы в обители моей были только одни девушки». К тому же, по мнению о. Серафима: «В общежительной обители легче справиться с семью девами, чем с одною вдовой!»
Но земля, намеченная для постройки мельницы, принадлежала некоему Баташеву, владельцу местного завода. Преподобный Серафим несколько раз хотел купить эту землю, но без успеха. Наконец родственница Баташева, генеральша Постникова, пожертвовала данную землю под мельницу. Преподобный видел в этом особое благоволение Пресвятой Богородицы к созидающейся обители: «Видишь ли, матушка, как Сама Царица Небесная схлопотала нам землицы, вот мы тут мельницу-то и поставим!» – говорил он одной из сестер.
Преподобный Серафим, трудясь в дальней пустыньке, лично заготавливал бревна для строительства мельницы-питательницы сестер новой общины. Однако его труды вызвали неодобрение саровской братии. Игумен Нифонт потребовал, чтобы за все дерево, вывезенное из Саровского леса, было ему заплачено, что о. Серафим и сделал.
Впоследствии сестра Капитолина свидетельствовала обо всех трудностях, которые постигали преподобного: «Много терпел за нас батюшка, много родименький принял за нас, много перенес терпения и гонения!» Приезжали из Сарова монахи-следователи и обыскивали Дивеево, говоря: «Ваш Серафим все таскает, кряжи увез!» И приговаривали