Кедр – дерево однодомное, т. е. женские шишечки и мужские колоски растут на одном дереве. Обычно шишечки находятся на более толстых ветвях и преимущественно в верхней части кроны, а мужские колоски вишнево-красного цвета – на нижних частях. В средней части кроны располагаются и шишечки, и колоски.
Так называемое цветение обычно приходится на июнь, но и цветение, и опыление, и оплодотворение, и сроки созревания и опадания шишек существенно зависят от условий местности произрастания, климатических условий. Опыление происходит в июне, оплодотворение – через 11–12 месяцев после опыления. Пыльца имеет воздушные мешки, поэтому с помощью ветра разлетается далеко. Количество пыльцы так велико, что по массе почти равно урожаю семян. Кедровую пыльцу ветер заносит на ручьи, озера, и здесь она ценное питание для вскармливания рыбьих мальков. При поздних весенних заморозках у дерева часто повреждаются цветочные колоски, и это сказывается на плодородии деревьев.
Семена после цветения созревают у кедра на 2 год. Кедр плодоносит 1 раз в 2 года, но хорошие урожаи бывают раз в 4–5 лет, а отличные – раз в 10–15 лет. В кедровниках северных районов шишки созревают значительно позднее. Таежные кедровники Урала начинают давать крупный промысловый урожай не раньше чем через 100 лет с момента посадки. Урожай кедровых орешков в среднем колеблется от 150–170 до 220–250 кг на гектар леса. В заболоченных местах он намного ниже – 50–70 кг, а на сфагновых болотах – до 10–20 кг на гектар. Зато на хороших почвах при достаточном количестве света в урожайные годы в кедровых насаждениях собирают по 400–650 кг орешков с гектара, а иногда и до 1 000 кг! Местные жители в припоселковых кедровниках знают и оберегают высокоплодоносящие «богатые» кедры и обычно долгие годы помнят о таких деревьях, погибших от молнии или пожара, как о живых существах. Величина урожаев семян кедра зависит от многих причин: прежде всего от лесорастительных условий, погодных условий в период опыления, оплодотворения и созревания семян, породного, типологического и возрастного состава древостоев, сомкнутости крон, санитарного состояния деревьев.
Ствол у сибирского кедра прямой, ровный. Кора на молодых стволах пепельно-серебристая, серо-зеленая, в дальнейшем коричневая, буро-бородавчатая, на очень старых деревьях кора буро-морщинистая, толстая. Крона у молодого дерева остропирамидальная, у взрослых широко раскидистая, часто многовершинная. Верхние ветки канделябровидные, приподнятые вверх. Молодые побеги желтоватые и покрыты длинными рыжими волосками.
Хвоя на ветках собрана в пучки по 5 хвоинок, они и придают кедру пушистость. Отмирание хвои происходит постепенно, при этом пучок теряет 1–2 хвоинки, а остальные остаются зелеными. Меняется хвоя через 3–7 лет, некоторые хвоинки зеленеют и 9 – 10 лет. Длина хвоинок составляет 60 – 140 мм, ширина – примерно 0,8–1,2 мм. Они имеют