На территории монастыря разбит тенистый сад, который возделывается на почвах, привозимых на верблюдах с берегов Нила.
Соборный храм расположился в центре монастыря; своды его поддерживаются 16 мраморными колоннами, в каждую из которых вложены мощи святых угодников Божиих. Мраморный пол собора выложен мозаикой, и все внутреннее убранство церкви устроено с большим великолепием. Иконостас храма, изготовленный в XVII в. на Кипре, и придельные храмы украшены в соответствии со святостью данных мест.
Всего в храме Преображения Господня устроено пять приделов; главный из них – придел Неопалимой купины – устроен позади центрального алтаря на том самом месте, где Моисею явился ангел Господень в пламени огненном. Святое место явления Неопалимой купины покрыто серебряной иконой с чеканным изображением горящего куста и чудес Божиих, здесь совершенных. Икона, освещаемая множеством драгоценных неугасимых лампад, расположена на мраморном полу; над ней на четырех мраморных столбиках установлен престол, находящийся в полусферическом углублении в восточной стороне храма.
Богослужения в приделе Неопалимой купины священники из уважения к святыне всегда служат без обуви. И все верующие, приближаясь к этому месту, тоже благоговейно снимают обувь.
В алтаре соборной церкви, в белой мраморной раке, под балдахином покоятся мощи святых угодников Божиих и преславной великомученицы Екатерины. Честная глава ее украшена золотым венком, а на святой руке ее – обручальный залог (золотое кольцо); эти святыни хранятся в серебряной шкатулке, украшенной драгоценными камнями.
В приделе во имя Успения Пресвятой Богородицы, в пещере под спудом, покоятся мощи Исаака Сирина, Ефрема Сирина и многих других, убитых сарацинами на Синае и в Раифе. Здесь же находится и гробница святого Иоанна Лествичника, но вход в эту пещеру закрыт. Когда-то, согласно преданию, епископ Синайский захотел осмотреть пещеру и приказал открыть дверь в нее. Но дверь не поддавалась, а когда начали ломать ее, из пещеры исторглось пламя и обожгло лицо епископа. С тех пор больше никто не дерзал войти в пещеру, а устрашенный епископ, в память о свершившемся, приказал повесить над входом икону преподобных.
В другом приделе паломникам показывают место, где во время молитвы святых отцов потекло деревянное масло. Но как только один из служителей дерзнул продать частицу его посетителям, оно исчезло.
В 1871 г. монах Григориус построил звонницу; в ней было 9 различных колоколов – дар российских царей, а также деревянный колокол (талантон), который использовался до появления металлических.
Братия Синайского монастыря состояла из греков, болгар,