По версии иноземного происхождения Нефертити, культ солнца-Атона в Египет принесла именно она: митаннийцы издревле поклонялись солнцу, и будто бы прекрасная царица смогла обратить в свою веру и супруга.
В честь бога Атона были изменены имена фараонской четы, их детей и приближенных: Аменхотеп берет себе имя Эхнатона (Их-не-Айти, «Полезный для Атона»), а Нефертити отныне именуется Нефер-Неферу-Атон – «Прекрасная красотой Атона», то есть «красотой подобная солнцу». В трехстах километрах к северу от прежней столицы, прекрасных и пышных Фив, Эхнатон приказал построить новую – Ахет-Атон (Ах-Йати, «Заря Атона»), где строятся роскошные храмы и дворцы. Самым распространенным сюжетом росписей и барельефов, украсивших стены новой столицы, были удивительно реалистичные для жестко регламентированного египетского искусства изображения фараона, его супруги и их детей: вот Нефертити сидит на коленях у мужа, вот они играют с детьми, вот она с дочерьми молится богу Атону – диску со множеством рук. Любовь фараона и его жены стала символом нового правления и залогом благоденствия для всей страны.
Однако годы шли, а Нефертити так и не смогла подарить мужу сына и наследника: одна за другой у нее родились шесть дочерей. Как полагают исследователи, это стало причиной охлаждения фараона к прежде обожаемой супруге. Все чаще рядом с именем фараона упоминается не Нефертити, а Кийа – прежде второстепенная царица, теперь же полноправная правительница, владычица сердца Эхнатона. До нас дошли даже стихи, которые фараон посвятил своей новой любви. Имя же Нефертити постепенно исчезло из обихода – скорее всего, опальная царица жила в одном из загородных дворцов, проводя дни в сожалениях о прошлом.
Однако есть и другая версия разлада между Нефертити и ее мужем: в последние годы Эхнатон, под влиянием матери и под давлением обстоятельств, уже не так ревностно служил новому культу, вернув жрецам прежних богов многие права. Нефертити, которая была ревностной почитательницей культа Атона, не простила своему мужу предательства и удалилась от двора.
Есть и третья, самая фантастическая версия: будто бы Эхнатон, отчаявшись дождаться от супруги наследника, но по-прежнему любя ее, взял себе новую жену – собственную дочь Меритатон, – а Нефертити сделал своим соправителем под мужским именем Сменхкара. Когда же Эхнатон скончался, Сменхкара правил Египтом единолично. Эта версия основывается на том, что у Нефертити и Сменхкары одинаковые личные и тронные имена.
Однако большинство ученых полагают, что Сменхкара был младшим братом Эхнатона или сыном от Кийи: он был женат на Меритатон и коронован еще при жизни Эхнатона, дабы избежать возможных споров о наследовании. Сменхкаре наследовал Тутанхатон, сын Эхнатона и Кийи, женатый на его дочери от Нефертити по имени Анхесенпаатон. Он окончательно отошел от культа Атона и даже сменил