Кончив все приготовления, Морган открыл флибустьерам план свой, который состоял в нападении на обширный и богатейший город Панаму, где он надеялся найти беспрестанно накопляемые для Европы груды золота и серебра. Но трудности исполнения казались непреоборимыми. Первая состояла в том, что Панама находилась в значительном расстоянии от моря и никто из пиратов не знал дороги. Чтобы устранить это затруднение, адмирал решился ехать сперва на остров Санта-Катарина, место ссылки испанских преступников, и добыть там проводников. Он скоро прибыл туда, высадил 1000 человек, которые угрозой истребить весь гарнизон при малейшем сопротивлении до того напугали испанцев, что последние не замедлили заключить капитуляцию, причем, для спасений чести гарнизона, условились дать фальшивое сражение. Укрепления и корабли открыли сильный огонь, но без ядер, комендант, по условию, при переходе из одного форта в другой дал взять себя в плен. Следствием этого было поддельное замешательство. Морган сначала не доверял этому фарсу и приказал флибустьерам заряжать ружья пулями, но стрелять в воздух, пока не заметят измены испанцев. Но последние и не помышляли ни о чем подобном: комедия продолжалась несколько часов, и пираты взяли один за другим десять фортов, причем ни с одной стороны не было ни одного убитого, но даже раненого.
Всех жителей острова заперли в большой стоявший на скале форт Св. Терезии и потом объявили жестокую войну коровам, телятам и птицам, потому что победители не ели ничего в продолжение суток. На острове находилось 459 душ обоего пола, и между ними 190 солдат, 42 заключенных преступника, 85 детей и 66 негров. В десяти фортах находилось 68 пушек, притом они были сильно укреплены самой природой, почему не сочли нужным содержать значительнейший гарнизон. В арсеналах кроме большого количества военных припасов, ружей и ручных гранат, бывших тогда в большом употреблении, нашли более 30 000 фунтов пороха. Все это было перевезено на корабли пиратов, пушки же заклепаны, лафеты сожжены, укрепления срыты, за исключением одного, в котором флибустьеры оставили гарнизон. Морган выбрал между преступниками трех испанцев в провожатые, которым, по возвращении на Ямайку, обещал свободу и награду.
Флибустьеры были восхищены планом, величие которого воспламеняло их мужество.
Город Панама, лежащий на берегу Южного океана, под 9° сев. широты, был тогда