Как и у других императоров из дома Гогенштауфенов, вся жизнь Фридриха II была омрачена конфликтами с папским Римом. Еще во время своей коронации германским королем в Ахене в 1212 г. Фридрих дал обет принять участие в крестовом походе. В период между 1219 и 1229 гг. обетованный поход в Святую землю дважды откладывался им на более поздний срок. И все три раза срок выступления Фридриха в поход продлевался папой Гонорием III.
По Сан-Джерманскому договору 1225 г. Фридрих снова обязался выступить в крестовый поход не позднее, чем через 2 года. Но это была уже последняя попытка. В случае нарушения данного обета императору грозило отлучение от церкви. Когда Григорий IX в 1237 г. взошел на папский трон, он менее чем через месяц после своей интронизации призвал Фридриха выполнить наконец свое обещание. Хотя тысячи других крестоносцев, собравшихся в августе того же года в южно-итальянском порту Брундизиуме (Бриндизи), не смогли переправиться морем в Святую землю вследствие вспыхнувшей среди них эпидемии, император Фридрих тем не менее вышел в море. Однако в пути он также тяжело заболел и был вынужден снова сойти на берег в Отранто. Папа счел его болезнь притворством и по прошествии месяца отлучил Фридриха II (которого за терпимость к магометанам именовал не иначе как «сицилийским султаном»!) от церкви. Тем самым ему было запрещено участвовать (до снятия отлучения) в крестовых походах.
Невзирая на папское отлучение, римско-германский император весной 1228 г. направил своего маршала в сопровождении 500 рыцарей в Палестину. В конце июня за ними последовал сам император во главе 300 рыцарей. Незадолго до высадки в Акконе Фридрих II получил известие, что папа повторно отлучил его от церкви, ибо он отправился в крестовый поход, не дожидаясь снятия с него предыдущего отлучения.
Один из наиболее выдающихся вассалов этого величайшего монарха из дома Гогенштауфенов, Томмазо (Фома) I ди Аквино, граф Ачерра, будучи императорским наместником в Сирии, фактически проложил Фридриху путь в Землю обетованную, сопровождал императора в его первом походе в Германию, а затем был послан особым уполномоченным на Сицилию, а позже вел от имени «сицилийского султана» переговоры с папой. Впоследствии Томмазо II из Аквино, другой наместник Фридриха (и его зять), погиб вместе с последним Гогенштауфеном – Конрадином – в борьбе с французами Карла Анжуйского за Сицилию. Любопытно, что ближайший